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- PDB-3k41: Crystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M bound to Man-6-P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k41
タイトルCrystal structure of sCD-MPR mutant E19Q/K137M bound to Man-6-P
要素Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
キーワードProtein transport / sugar binding protein / transport / lysosome / mannose / receptor / sugar binding / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / secretion of lysosomal enzymes / Lysosome Vesicle Biogenesis / retromer complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / lysosomal transport / trans-Golgi network ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Glycosphingolipid catabolism / secretion of lysosomal enzymes / Lysosome Vesicle Biogenesis / retromer complex binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein targeting to lysosome / lysosomal transport / trans-Golgi network / late endosome / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Mannose-6-phosphate receptor / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose / Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Intermonomer interactions are essential for lysosomal enzyme binding by the cation-dependent mannose 6-phosphate receptor.
著者: Olson, L.J. / Sun, G. / Bohnsack, R.N. / Peterson, F.C. / Dahms, N.M. / Kim, J.J.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
B: Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2406
ポリマ－36,5472
非ポリマー1,6934
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area14660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.234, 77.112, 79.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cation-dependent mannose-6-phosphate receptor / CD Man-6-P receptor / CD-MPR / 46 kDa mannose 6-phosphate receptor / MPR 46


分子量: 18273.494 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-182 / 変異: E19Q, K137M, N31Q, N57Q, N68Q, N87Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: M6PR / プラスミド: pGAP / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P11456
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-M6D / 6-O-phosphono-beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose-6-phosphate / 6-O-phosphono-beta-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / β-D-マンノピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Manp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5;25% PEG 2000MME; 0.2M ammonium acetate; 0.025M OBG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26594 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 5.316 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Num. unique all: 2607 / Χ2: 2.074 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1M6P

1m6p


解像度: 1.9→38.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 2526 9.5 %
Rwork0.216 --
obs-25567 96.2 %
溶媒の処理Bsol: 50.155 Å2
原子変位パラメータBiso max: 60.58 Å2 / Biso mean: 27.305 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.394 Å20 Å20 Å2
2---0.784 Å20 Å2
3---2.178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 110 161 2611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3871.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1442
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1422.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION4m6p.par
X-RAY DIFFRACTION5gol.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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