- PDB-3k2v: Structure of the CBS pair of a putative D-arabinose 5-phosphate i... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2v
タイトル
Structure of the CBS pair of a putative D-arabinose 5-phosphate isomerase from Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae.
要素
putative D-arabinose 5-phosphate isomerase
キーワード
ISOMERASE / KpsF-like protein / CBS domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報
arabinose-5-phosphate isomerase / arabinose-5-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
冗長度: 12.2 % / Av σ(I) over netI: 35.55 / 数: 388844 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 2.11 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31947 / % possible obs: 99.9
D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.45 / FOM acentric: 0.463 / FOM centric: 0.311 / 反射: 31751 / Reflection acentric: 29151 / Reflection centric: 2600
Phasing MAD set
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 50 Å
ID
R cullis acentric
R cullis centric
Loc acentric
Loc centric
Power acentric
Power centric
Reflection acentric
Reflection centric
1
1.62
1
0.6
0.5
0
0
29151
2600
2
0.9
0.82
27.7
40.5
0.79
0.64
21926
2163
Phasing MAD set shell
ID
解像度 (Å)
R cullis acentric
R cullis centric
Loc acentric
Loc centric
Power acentric
Power centric
Reflection acentric
Reflection centric
1
12.25-50
1.24
1
1.8
1.4
0
0
88
58
1
6.98-12.25
1.18
1
1.8
1.4
0
0
471
133
1
4.88-6.98
1.55
1
1.6
1
0
0
1172
208
1
3.75-4.88
1.07
1
1.2
1.1
0
0
2193
292
1
3.05-3.75
1.21
1
0.8
0.6
0
0
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1
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1
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0.3
0
0
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1
2.22-2.57
2.62
1
0.4
0.1
0
0
7138
503
1
1.95-2.22
4.1
1
0.2
0.1
0
0
9401
598
2
12.25-50
0.9
0.84
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1.76
1.36
88
57
2
6.98-12.25
0.73
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471
133
2
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44.1
1.57
1.07
1172
208
2
3.75-4.88
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2193
292
2
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366
2
2.57-3.05
0.92
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5158
442
2
2.22-2.57
0.96
0.94
20.9
29.1
0.52
0.36
7110
503
2
1.95-2.22
0.98
1
22.1
29.8
0.35
0.25
2210
162
Phasing MAD set site
ID
Atom type symbol
B iso
Fract x
Fract y
Fract z
Occupancy
1
Se
37.48775
0.144
0.443
0.145
0
2
Se
34.96555
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0.44
0.074
0
3
Se
40.80559
-0.283
0.237
0.025
0
4
Se
35.52641
-0.297
0.044
-0.018
0
5
Se
54.08856
0.073
0.507
0.127
0
6
Se
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0
7
Se
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0
8
Se
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-0.431
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0.011
0
9
Se
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-0.272
0.142
-0.06
0
10
Se
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0.029
-0.009
0
11
Se
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0.09
0
12
Se
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-0.245
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-0.021
0
13
Se
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-0.239
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-0.078
0
14
Se
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-0.2
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-0.082
0
15
Se
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-0.513
0.065
-0.01
0
16
Se
34.07215
0.144
0.443
0.145
-0.101
17
Se
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-0.118
18
Se
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-0.282
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-0.125
19
Se
36.9641
-0.296
0.044
-0.018
-0.103
20
Se
54.21249
0.073
0.506
0.127
-0.129
21
Se
59.625
-0.269
0.112
0.032
-0.133
22
Se
59.8072
0.16
0.38
0.098
-0.108
23
Se
45.21872
-0.432
0.18
0.012
-0.11
24
Se
46.25294
-0.272
0.142
-0.06
-0.099
25
Se
27.21568
-0.533
0.03
-0.009
-0.061
26
Se
67.94643
0.127
0.456
0.091
-0.116
27
Se
112.71975
-0.246
0.181
-0.021
-0.117
28
Se
82.25524
-0.24
0.169
-0.078
-0.133
29
Se
75.20015
-0.2
0.179
-0.083
-0.101
30
Se
96.68912
-0.516
0.063
-0.011
-0.072
31
Se
48.329
-0.303
0.241
0.047
0
32
Se
41.165
-0.266
0.117
0.036
0
Phasing MAD shell
解像度 (Å)
FOM
FOM acentric
FOM centric
反射
Reflection acentric
Reflection centric
12.25-50
0.68
0.773
0.538
146
88
58
6.98-12.25
0.755
0.816
0.539
604
471
133
4.88-6.98
0.75
0.787
0.54
1380
1172
208
3.75-4.88
0.686
0.714
0.474
2485
2193
292
3.05-3.75
0.631
0.653
0.422
3891
3525
366
2.57-3.05
0.573
0.591
0.363
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5163
442
2.22-2.57
0.426
0.439
0.237
7641
7138
503
1.95-2.22
0.208
0.219
0.034
9999
9401
598
Phasing dm
手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 31751
Phasing dm shell
解像度 (Å)
Delta phi final
FOM
反射
7.96-100
46.2
0.874
513
6.29-7.96
38.2
0.928
508
5.41-6.29
39.7
0.936
570
4.81-5.41
38.5
0.946
642
4.38-4.81
42
0.945
714
4.05-4.38
41
0.946
756
3.78-4.05
41.7
0.938
822
3.56-3.78
42.8
0.936
872
3.37-3.56
42.6
0.934
922
3.21-3.37
45.8
0.931
965
3.07-3.21
44
0.929
1017
2.95-3.07
44.4
0.932
1054
2.84-2.95
43.5
0.933
1101
2.75-2.84
43.4
0.929
1130
2.66-2.75
48.3
0.928
1163
2.58-2.66
47.2
0.934
1188
2.5-2.58
48.4
0.925
1245
2.44-2.5
51
0.929
1268
2.37-2.44
54.1
0.931
1309
2.32-2.37
51.1
0.927
1330
2.26-2.32
54.7
0.93
1357
2.21-2.26
55.4
0.934
1417
2.17-2.21
59.3
0.923
1438
2.12-2.17
63.4
0.925
1446
2.08-2.12
66.5
0.916
1502
2.04-2.08
66.6
0.909
1511
2-2.04
72.8
0.876
1520
1.95-2
74.9
0.824
2471
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MLPHARE
位相決定
直接法
6
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.005
データ抽出
SBC-Collect
データ収集
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
HKL-3000
位相決定
SHELXD
位相決定
SHELXE
モデル構築
SOLVE
位相決定
RESOLVE
位相決定
ARP/wARP
モデル構築
CCP4
位相決定
O
モデル構築
Coot
モデル構築
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→41.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.157 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.928 / SU B: 4.702 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / SU Rfree: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.104 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.182
1604
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.156
-
-
-
obs
0.157
31749
99.84 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK