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万見
- PDB-3k23: Glucocorticoid Receptor with Bound D-prolinamide 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k23
タイトルGlucocorticoid Receptor with Bound D-prolinamide 11
要素
  • Glucocorticoid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Glucocorticoid Receptor / Steroid Hormone Receptor / Nuclear Receptor / GR / glucocorticoids / alpha helical sandwich / meta-channel / Alternative initiation / Chromatin regulator / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Pseudohermaphroditism / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation ...Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / response to cortisol / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / astrocyte differentiation / maternal behavior / cellular response to glucocorticoid stimulus / motor behavior / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to steroid hormone stimulus / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / transcription regulator inhibitor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of adipose tissue development / steroid binding / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / synaptic transmission, glutamatergic / negative regulation of smoothened signaling pathway / chromosome segregation / SUMOylation of intracellular receptors / promoter-specific chromatin binding / Hsp90 protein binding / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / response to wounding / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / : / chromatin organization / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / synapse / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / : / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JZN / Glucocorticoid receptor / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Biggadike, K.B. / McLay, I.M. / Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Bledsoe, R.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Design and x-ray crystal structures of high-potency nonsteroidal glucocorticoid agonists exploiting a novel binding site on the receptor.
著者: Biggadike, K. / Bledsoe, R.K. / Coe, D.M. / Cooper, T.W. / House, D. / Iannone, M.A. / Macdonald, S.J. / Madauss, K.P. / McLay, I.M. / Shipley, T.J. / Taylor, S.J. / Tran, T.B. / Uings, I.J. ...著者: Biggadike, K. / Bledsoe, R.K. / Coe, D.M. / Cooper, T.W. / House, D. / Iannone, M.A. / Macdonald, S.J. / Madauss, K.P. / McLay, I.M. / Shipley, T.J. / Taylor, S.J. / Tran, T.B. / Uings, I.J. / Weller, V. / Williams, S.P.
履歴
登録2009年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
B: Glucocorticoid receptor
E: Nuclear receptor coactivator 2
C: Glucocorticoid receptor
F: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3619
ポリマ－94,3946
非ポリマー1,9673
水84747
1
A: Glucocorticoid receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1203
ポリマ－31,4652
非ポリマー6561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucocorticoid receptor
E: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1203
ポリマ－31,4652
非ポリマー6561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucocorticoid receptor
F: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1203
ポリマ－31,4652
非ポリマー6561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.927, 65.956, 71.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 29985.844 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 521-777, Ligand Binding Domain / 変異: F602Y, C638G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 6XHis-GST tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRL, NR3C1 / プラスミド: pHis GST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04150
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1478.756 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 740-751 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-JZN / 1-{[3-(4-{[(2R)-4-(5-fluoro-2-methoxyphenyl)-2-hydroxy-4-methyl-2-(trifluoromethyl)pentyl]amino}-6-methyl-1H-indazol-1-yl)phenyl]carbonyl}-D-prolinamide


分子量: 655.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H37F4N5O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES 6.5, 28% PEG 5K MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 17141 / Num. obs: 16987 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.112.90.38115650.824193.2
3.11-3.233.40.32616680.754199.3
3.23-3.383.70.24117190.794199.9
3.38-3.563.70.18316921.11199.8
3.56-3.783.70.13217121.115199.8
3.78-4.073.70.08917131.034199.9
4.07-4.483.80.06217070.8321100
4.48-5.133.80.04817280.7951100
5.13-6.463.70.05217260.791100
6.46-503.50.03717571.22199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.421 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.546 / Cor.coef. Io to Ic: 0.585

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model generated from PR LBD

解像度: 3→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / WRfactor Rfree: 0.276 / WRfactor Rwork: 0.21 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.737 / SU B: 44.559 / SU ML: 0.473 / SU R Cruickshank DPI: 0.437 / SU Rfree: 0.572 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.558 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1170 7 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.229 16800 --
obs0.229 16800 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.22 Å2 / Biso mean: 61.285 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å2-1.8 Å2
2---3.27 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5970 0 141 47 6158
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2432.0018518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8539916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3415754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14923.771236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.287151034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5441527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.24333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.23135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1590.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5791.54960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0491.51529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63826096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58932937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9154.52422
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 91 -
Rwork0.279 1036 -
all-1127 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23550.28750.99513.66110.79781.9840.01350.12420.1431-0.16340.0647-0.0461-0.09620.0823-0.0782-0.12960.015-0.0478-0.2609-0.0583-0.118453.5873-0.37181.8133
21.8454-0.277-0.02430.9218-0.19142.0345-0.0654-0.0758-0.0868-0.1167-0.0237-0.11690.06630.07640.0891-0.15270.00550.0339-0.17970.0145-0.199234.1306-14.5797-28.2925
36.92762.6659-1.86263.7079-1.49242.9131-0.24620.96541.1065-0.15020.43180.23260.3271-0.2022-0.1856-0.3664-0.0829-0.0252-0.07960.2416-0.093324.84717.7927-48.8854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A525 - 776
2X-RAY DIFFRACTION1D743 - 751
3X-RAY DIFFRACTION1A1
4X-RAY DIFFRACTION2B527 - 700
5X-RAY DIFFRACTION2E742 - 751
6X-RAY DIFFRACTION2B2
7X-RAY DIFFRACTION3C525 - 700
8X-RAY DIFFRACTION3F741 - 750
9X-RAY DIFFRACTION3C3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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