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- PDB-3k1i: Crystal strcture of FliS-HP1076 complex in H. pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1i
タイトルCrystal strcture of FliS-HP1076 complex in H. pylori
要素
  • Flagellar protein
  • Putative uncharacterized protein
キーワードCHAPERONE / Co-chaperone / flagellar system / Helicobacter pylori / Flagellum
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / FLiS export co-chaperone, HP1076 superfamily / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Arylsulfatase, C-terminal domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / FLiS export co-chaperone, HP1076 superfamily / Flagellar FLiS export co-chaperone, HP1076 / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS / Flagellar protein FliS superfamily / Flagellar protein FliS / Arylsulfatase, C-terminal domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar secretion chaperone FliS / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lam, W.W.L. / Kotaka, M. / Ling, T.K.W. / Au, S.W.N.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2010
タイトル: Molecular interaction of flagellar export chaperone FliS and cochaperone HP1076 in Helicobacter pylori
著者: Lam, W.W.L. / Woo, E.J. / Kotaka, M. / Tam, W.K. / Leung, Y.C. / Ling, T.K.W. / Au, S.W.N.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar protein
B: Flagellar protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4724
ポリマ－70,4724
非ポリマー00
水28816
1
A: Flagellar protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2362
ポリマ－35,2362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
2
B: Flagellar protein
C: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2362
ポリマ－35,2362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.253, 50.253, 242.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA19 - 12424 - 129
21SERSERSERSERBB19 - 12224 - 127
12GLNGLNLEULEUCC28 - 14635 - 153
22SERSERLEULEUDD27 - 14634 - 153

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar protein / FliS


分子量: 14969.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0753 / プラスミド: pGEX-6p-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O25448
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein / HP1076


分子量: 20266.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_1076 / プラスミド: pAC28m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O25709
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M MES, 0.2M Calcium acetate, 3%(v/v) 2-propanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月1日
詳細: Vertically Collimating Premirror, LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 17571 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→19.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 34.083 / SU ML: 0.322 / Isotropic thermal model: 3IQC, 3K1H / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.997 / ESU R Free: 0.404
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29869 771 4.9 %RANDOM
Rwork0.25827 ---
obs0.26024 14883 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.757 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3587 0 0 16 3603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.9854900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8345445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.07126.229175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.73615708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1981514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.52233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38523601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69431400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7914.51299
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A842tight positional0.10.05
2C934tight positional0.130.05
1A842tight thermal0.240.5
2C934tight thermal0.230.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 65 -
Rwork0.336 1120 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51360.46530.22851.13170.62143.5183-0.0364-0.0002-0.0059-0.07720.0438-0.01780.165-0.3211-0.00740.0189-0.02490.00120.0398-0.00070.0003-23.51828.506120.0071
20.6728-0.75990.83181.555-0.69143.5758-0.06390.07360.04090.17420.0539-0.14620.21590.09240.010.04910.0063-0.01910.0343-0.01450.0169-23.34064.8852-3.3086
30.8086-0.12120.48026.7531-1.67232.2967-0.0042-0.13890.01140.14130.03790.1988-0.0466-0.1512-0.03370.00310.00190.0030.0298-0.01050.0288-41.776325.8524-14.5771
44.51080.12191.01551.1652-0.48831.33540.03940.4093-0.1865-0.108-0.0134-0.04530.1230.095-0.02590.02140.00280.01550.0388-0.02190.0397-21.08614.6373-29.2919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4D27 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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