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万見
- PDB-3k0w: Crystal structure of the tandem IG-like C2-type 2 domains of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k0w
タイトルCrystal structure of the tandem IG-like C2-type 2 domains of the human mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
キーワードHYDROLASE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / NUCLEUS / PROTEASE / CHROMOSOMAL TRANSLOCATION / LYMPHOMA / UBL CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm / Disulfide bond / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / Activation of NF-kappaB in B cells / CLEC7A (Dectin-1) signaling / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of T cell cytokine production / fibrillar center / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / Isoform 2 of Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Qiu, L. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Tandem Ig-Like C2-Type 2 Domains of the Human Mucosa-Associated Lymphoid Tissue Lymphoma Translocation Protein 1.
著者: Walker, J.R. / Qiu, L. / Butler-Cole, C. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2009年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9252
ポリマ－24,8901
非ポリマー351
水25214
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8514
ポリマ－49,7802
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-7.3 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
2
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7028
ポリマ－99,5604
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area7190 Å2
ΔGint-35.6 kcal/mol
Surface area34460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.355, 90.355, 182.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1, isoform 2 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 24890.014 Da / 分子数: 1
断片: Tandem IG-like C2-type 2 domain: UNP residues 128-326
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE SEQUENCE MGSSHHHHHHSSGLVPRGS BELONGS TO THE VECTOR.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UDY8-2, UniProt: Q9UDY8*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1:1 VOLUME RATIO OF PROTEIN SOLUTION (10 mg/mL) AND RESERVOIR SOLUTION (1.5 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M BICINE pH 9.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40.47 Å / Num. all: 11498 / Num. obs: 11498 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 96.13 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 43.44
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 17.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique all: 1104 / Rsym value: 0.791 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BFO

3bfo


解像度: 2.8→40.47 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 549 4.8 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
all0.2196 11447 --
obs0.2196 11447 --
原子変位パラメータBiso mean: 87.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0991 Å20 Å20 Å2
2---1.0991 Å20 Å2
3---2.1982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 1 14 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.32
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.07 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3238 138 5.22 %
Rwork0.2674 2506 -
obs-2644 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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