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- PDB-1uu1: Complex of Histidinol-phosphate aminotransferase (HisC) from Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uu1
タイトルComplex of Histidinol-phosphate aminotransferase (HisC) from Thermotoga maritima (Apo-form)
要素HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


histidinol-phosphate transaminase / histidinol-phosphate transaminase activity / L-histidine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Histidinol-phosphate aminotransferase family / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...: / Histidinol-phosphate aminotransferase family / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HSA / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Histidinol-phosphate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Vega, M.C. / Fernandez, F.J. / Lehman, F. / Wilmanns, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Studies of the Catalytic Reaction Pathway of a Hyperthermophilic Histidinol-Phosphate Aminotransferase
著者: Fernandez, F.J. / Vega, M.C. / Lehmann, F. / Sandmeier, E. / Gehring, H. / Christen, P. / Wilmanns, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Histidinol Phosphate Aminotransferase (Hisc) from Escherichia Coli, and its Covalent Complex with Pyridoxal-5'-Phosphate and L-Histidinol Phosphate
著者: Sivaraman, J. / Li, Y. / Larocque, R. / Schrag, J.D. / Cygler, M. / Matte, A.
履歴
登録2003年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
B: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
C: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
D: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,28112
ポリマ－157,4044
非ポリマー1,8778
水6,648369
1
A: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
B: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6416
ポリマ－78,7022
非ポリマー9394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
D: HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6416
ポリマ－78,7022
非ポリマー9394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.610, 136.519, 92.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HISTIDINOL-PHOSPHATE AMINOTRANSFERASE / IMIDAZOLE ACETOL-PHOSPHATE TRANAMINASE / HISC


分子量: 39350.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPHATE ANION ATTACHED PER CHAIN
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X0D0, histidinol-phosphate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-HSA / PHOSPHORIC ACID MONO-[2-AMINO-3-(3H-IMIDAZOL-4-YL)-PROPYL]ESTER / L-ヒスチジノ-ルりん酸


分子量: 221.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N3O4P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMHEPES1droppH7.5
210 mMdithiothreitol1drop
32 mMEDTA1drop
435 mg/mlprotein1drop
550 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
65 %(w/v)PEG10001reservoirpH5.1
7sodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8042
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8042 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 49556 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 1.25 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0885 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 2.3 % / Num. measured all: 120299 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H1C

1h1c


解像度: 2.38→19.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2427 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 48181 90.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.36114 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.03 Å20 Å20.05 Å2
2--1.76 Å20 Å2
3----8.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11031 0 116 369 11516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 400 5 %
Rwork0.256 7614 -
obs--90.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4HSP.PARHSP.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 49260 / % reflection Rfree: 4.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.478
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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