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- PDB-3bfo: Crystal structure of Ig-like C2-type 2 domain of the human Mucosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfo
タイトルCrystal structure of Ig-like C2-type 2 domain of the human Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)
キーワードHYDROLASE / Immunoglobulin domain / Nucleus / Protease / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / B cell activation / endopeptidase activator activity / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / Activation of NF-kappaB in B cells / defense response / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / fibrillar center / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Walker, J.R. / Akutsu, M. / Littler, D.R. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Ig-like C2-type 2 domain of the human Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1.
著者: Walker, J.R. / Akutsu, M. / Littler, D.R. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)
D: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0604
ポリマ－42,0604
非ポリマー00
水7,170398
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5151
ポリマ－10,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5151
ポリマ－10,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5151
ポリマ－10,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5151
ポリマ－10,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.944, 43.640, 49.595
Angle α, β, γ (deg.)66.50, 90.00, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2) / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 10515.014 Da / 分子数: 4
断片: Ig-like C2-type 2 domain: Residues 226-314 of Isoform 2 (Q9UDY8-2)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1:1 volume ratio of protein solution (50 mg/mL) and reservoir solution (30% PEG MME 550, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月5日 / 詳細: Rh coated Si monochromatic mirrors
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→25 Å / Num. all: 103829 / Num. obs: 103829 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 10043 / Rsym value: 0.651 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1U2H, 2AW2, 1CS6

1u2h

2aw2

1cs6


解像度: 1.15→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.486 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21182 5145 5 %RANDOM
Rwork0.17708 ---
obs0.17882 98073 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.976 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20.17 Å2-0.19 Å2
2---0.67 Å20.63 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 0 401 3441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.831.9684343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07625.161124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73915579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.895156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5351.51990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.33723226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.00631361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.094.51117
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.79233351
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.7063401
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.54333040
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 379 -
Rwork0.265 7040 -
obs--91.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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