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- PDB-2vkg: COMPLEXES OF DODECIN WITH FLAVIN AND FLAVIN-LIKE LIGANDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vkg
タイトルCOMPLEXES OF DODECIN WITH FLAVIN AND FLAVIN-LIKE LIGANDS
要素DODECIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / BIOTECHNOLOGICAL APPLICATION OF DODECIN BINDING PROPERTIES / FLAVIN-DNA LIGAND HYBRID
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CF4 / Dodecin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Grininger, M. / Noell, G. / Trawoeger, S. / Sinner, E. / Oesterhelt, D.
引用ジャーナル: Biointerphases / 年: 2008
タイトル: Electrochemical Switching of the Flavoprotein Dodecin at Gold Surfaces Modified by Flavin-DNA Hybrid Linkers
著者: Grininger, M. / Noell, G. / Trawoeger, S. / Sinner, E. / Oesterhelt, D.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2837
ポリマ－6,7221
非ポリマー5606
水1,54986
1
A: DODECIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,39484
ポリマ－80,66812
非ポリマー6,72672
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation80_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation59_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation82_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation52_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation75_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation54_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation36_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation31_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area32730 Å2
ΔGint-587.9 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.030, 142.030, 142.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1063-

NA

21A-1066-

CL

31A-1068-

SO4

41A-1068-

SO4

51A-2001-

HOH

61A-2011-

HOH

71A-2028-

HOH

81A-2036-

HOH

91A-2061-

HOH

101A-2086-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DODECIN


分子量: 6722.342 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 11-58,61-74 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIGAND BOUND / 由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株: R1 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 671) / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HPW4

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非ポリマー , 6種, 92分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CF4 / [4-(7,8-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl)butyl]carbamic acid


分子量: 357.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 54 TO ALA
非ポリマーの詳細COFC4_O5 (CF4): SYNTHETIC FLAVIN
配列の詳細MUTATION OF E45A AND DELETION OF GLU50,GLU51(UNP GLU59, GLU60)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M MGCL2, 2 M NACL, 0.1 M HEPES, 30% PEG400, PH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 107589 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCC

2ccc


解像度: 1.8→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CRYSTALS WERE SOAKED WITH A FLAVIN-DNA HYBRID LIGAND. JUST THE ISOALLOXAZINE PART AS WELL AS THE ALIPHATIC PART IS VISIBLE IN DENSITY. BASES ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CRYSTALS WERE SOAKED WITH A FLAVIN-DNA HYBRID LIGAND. JUST THE ISOALLOXAZINE PART AS WELL AS THE ALIPHATIC PART IS VISIBLE IN DENSITY. BASES ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL FOR THE LIGAND, BUT CAUSE SOME NOT EXPLAINED DENSITY IN BINDING POCKET.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 602 5.2 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 11077 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数473 0 35 86 594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.890.022524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5472.001720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.112565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.07826.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.0691577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.859152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.5315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6552512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6953209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.954.5207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 39
Rwork0.269 796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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