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万見
- PDB-3jz3: Structure of the cytoplasmic segment of histidine kinase QseC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jz3
タイトルStructure of the cytoplasmic segment of histidine kinase QseC
要素Sensor protein qseC
キーワードTRANSFERASE / helix-turn-helix / kinase domain / ATP-binding / Cell inner membrane / Cell membrane / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell motility / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / small molecule binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-component sensor kinase, N-terminal / Two-component sensor kinase N-terminal / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain ...Two-component sensor kinase, N-terminal / Two-component sensor kinase N-terminal / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein QseC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie, W. / Kwiatkowski, W. / Choe, S. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Cytoplasmic Segment of Histidine Kinase Receptor QseC, a Key Player in Bacterial Virulence.
著者: Xie, W. / Dickson, C. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
履歴
登録2009年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein qseC
B: Sensor protein qseC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5613
ポリマ－49,4652
非ポリマー961
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.737, 70.737, 176.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein qseC


分子量: 24732.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 236-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: qseC, ygiY, b3026, JW2994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40719, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8-10 mg/ml protein with 27-30% (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.96789
シンクロトロンALS 8.2.120.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年8月28日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2008年8月28日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.967891
20.97941
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 16338 / Num. obs: 16317 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / Num. unique all: 1565 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 8.426 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26234 764 5.1 %RANDOM
Rwork0.22826 ---
obs0.22996 14136 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 5 44 2357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9091.9743176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6435304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78125.049103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36515377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0881516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21578
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33521569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.85332435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8032836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3763741
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 49 -
Rwork0.253 880 -
obs-929 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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