PDB-3jxi: Crystal structure of the chicken TRPV4 ankyrin repeat domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jxi

タイトル

Crystal structure of the chicken TRPV4 ankyrin repeat domain

要素

Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ankyrin repeats / ANK repeat / Ion transport / Ionic channel / Receptor / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

osmosensory signaling pathway / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / phosphatidylinositol binding / actin filament organization / adherens junction / calcium channel activity / cilium / SH3 domain binding / intracellular calcium ion homeostasis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Phelps, C.B. / Wang, R.R. / Gaudet, R.

引用

ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2010
タイトル: Mutations in TRPV4 cause Charcot-Marie-Tooth disease type 2C.
著者: Landoure, G. / Zdebik, A.A. / Martinez, T.L. / Burnett, B.G. / Stanescu, H.C. / Inada, H. / Shi, Y. / Taye, A.A. / Kong, L. / Munns, C.H. / Choo, S.S. / Phelps, C.B. / Paudel, R. / Houlden, H. ...

履歴

登録	2009年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3jxi_full_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3jxjC 2etbS 2pnn 2rfa 3jzj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w9f-2 3w9g-1 4dx1-1 1gu2-d 3w9f-1 6aaz-d 4l5m-d 1nv8-1 1z6d-d 6aan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

118 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

登録者が定義した集合体
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2

B: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

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3

C: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

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4

D: Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.259, 48.119, 133.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein 分子量: 29478.891 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 133-382, ankyrin repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET21-C6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Vanilloid receptor-related osmotically activated channel protein

分子量: 29478.891 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 133-382, ankyrin repeat domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TRPV4, VR-OAC / プラスミド: pET21-C6H / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9DFS3, UniProt: A0A1D5PXA5*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 10% MPD, 2% PEG8000, 4.3% trifluoroethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月8日 / 詳細: osmic mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 65393 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 1.507 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.28	2.7	0.598	6457	1.633	1	97.1
2.28-2.37	2.8	0.417	6440	1.213	1	97.6
2.37-2.48	2.8	0.33	6455	1.321	1	97.3
2.48-2.61	2.8	0.267	6486	1.388	1	97.3
2.61-2.77	2.8	0.217	6469	1.586	1	97.1
2.77-2.99	2.8	0.139	6525	1.609	1	97.4
2.99-3.29	2.8	0.105	6514	1.776	1	97.7
3.29-3.76	2.9	0.075	6601	1.931	1	98.2
3.76-4.74	2.9	0.048	6674	1.551	1	98.6
4.74-35	2.9	0.034	6772	1.067	1	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.4.0066	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2etb (TRPV2 ankyrin repeats)

2etb

解像度: 2.3→29.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 12.892 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1178	2 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.204	57722	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.79 Å² / B_iso mean: 27.512 Å² / B_iso min: 3.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8005	0	0	534	8539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.966	11049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	3	13845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.744	5	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.767	23.111	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.951	15	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.067	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.563	1.5	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.133	1.5	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.049	2	8073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	3	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.792	4.5	2972

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.417	79	-
R_work	0.249	4089	-
all	-	4168	-
obs	-	-	97.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5523	-0.3693	-4.8108	2.9501	0.7147	6.1402	-0.0307	-0.5343	-0.1605	0.2561	-0.1746	-0.2555	0.1199	0.2434	0.2053	0.0761	-0.0019	-0.0886	0.1603	0.0079	0.3049	-29.3551	-13.9962	10.3746
2	3.0708	0.5182	-0.9839	2.5197	-1.4267	3.0843	0.0027	-0.0217	-0.0853	0.0378	-0.0653	-0.0099	0.0473	-0.0305	0.0625	0.0539	0.0106	-0.0542	0.0886	-0.0055	0.2225	-35.7376	-10.6721	2.6802
3	3.2828	-0.1231	0.2367	2.4853	-1.2666	2.7721	0.0604	0.136	0.0837	-0.0903	-0.0896	-0.145	0.0114	0.1829	0.0291	0.0523	0.0196	-0.0301	0.1127	-0.0261	0.2035	-41.5085	-3.2286	-6.1198
4	3.1606	-0.9289	0.4722	2.3027	-0.9238	2.8685	0.1579	0.4374	-0.0602	-0.4254	-0.1554	-0.1489	0.1562	0.0907	-0.0026	0.0961	0.0513	-0.0436	0.1592	-0.0337	0.1826	-48.7688	-1.3657	-17.1689
5	2.8272	-0.2735	-0.2383	5.6191	1.365	3.9147	0.1482	0.5582	-0.2524	-0.2251	-0.1387	0.1605	0.3334	-0.1875	-0.0096	0.1454	0.0783	-0.1152	0.2938	-0.0176	0.1395	-57.0505	2.0703	-23.6111
6	12.8771	10.8463	9.3481	9.1745	7.8633	6.7891	0.0195	-0.4913	-0.6072	-0.0128	0.1926	1.389	0.2837	-0.4199	-0.2121	0.4804	0.1755	0.0219	0.4412	0.0402	0.47	-62.817	0.9677	-34.2671
7	3.9106	0.8017	-4.1716	2.7097	-1.5704	5.8251	-0.0106	0.4106	-0.0125	-0.1447	-0.062	0.2437	0.16	-0.2887	0.0726	0.0559	-0.0068	-0.0786	0.1419	0.0046	0.2625	-24.022	9.0799	-10.5763
8	1.963	-3.0602	-2.9715	8.9174	9.1146	9.4657	0.0965	0.1687	0.2454	-0.4444	0.0921	-0.2234	-0.4407	0.1229	-0.1886	0.1157	-0.0156	-0.0401	0.1006	0.0358	0.228	-18.3224	20.1546	-9.7931
9	3.361	0.1893	-1.2107	2.2902	1.8057	4.2121	-0.1051	-0.1131	-0.1411	0.1778	-0.0482	0.1312	0.1906	-0.1203	0.1532	0.0887	-0.0175	-0.0575	0.0734	0.0282	0.2204	-16.4834	9.25	-1.6064
10	3.1147	-0.7717	1.0602	8.1922	2.1732	5.0712	0.0573	-0.0925	0.205	-0.1386	-0.0859	0.2336	-0.291	-0.3732	0.0286	0.0541	-0.0071	-0.0622	0.1683	0.008	0.3071	-12.9416	21.4338	3.4107
11	3.5827	0.8543	0.0922	1.3635	0.9678	2.4531	-0.0225	-0.094	-0.0345	0.0421	-0.0019	0.1323	0.1718	-0.1044	0.0244	0.0657	-0.0034	-0.0685	0.1251	0.0264	0.1899	-8.6942	17.6365	6.1611
12	2.2032	1.1701	0.9772	1.9755	0.8375	2.1132	0.1356	-0.3592	-0.045	0.2525	-0.0857	0.0973	0.2071	-0.1582	-0.0499	0.0834	-0.0076	-0.0336	0.1358	0.0241	0.1461	-0.664	22.7511	19.9028
13	8.7364	0.8969	5.451	4.0802	-0.6172	4.9871	0.3687	-0.1195	-0.6806	0.2714	-0.1443	-0.6267	0.6744	0.4536	-0.2244	0.3397	-0.0367	-0.1142	0.2788	0.041	0.2405	12.486	20.4208	34.1708
14	5.0456	0.2411	-0.5826	0.8946	0.1077	3.6871	-0.0159	0.4143	0.2494	-0.0731	0.079	0.2208	-0.2461	-0.3489	-0.0631	0.3071	0.0833	-0.1391	0.3773	0.0744	0.1285	-47.5239	24.5657	-59.0692
15	3.5341	0.4383	0.7961	3.18	-0.3524	3.4503	-0.1347	0.2491	-0.1608	-0.2464	0.0911	-0.1206	0.0615	0.1538	0.0435	0.2881	0.0588	-0.1164	0.3078	0.0281	0.069	-34.2312	17.6152	-50.1398
16	3.9722	-1.4703	1.4177	1.8855	-0.8052	2.4602	-0.1329	0.0019	0.1814	0.0253	0.0367	-0.1176	-0.2864	0.0277	0.0962	0.2966	0.0233	-0.1121	0.3078	0.0498	0.1516	-20.4426	16.7254	-38.3691
17	2.4654	-0.3995	-1.5508	4.8655	2.4331	15.6154	-0.1419	-0.1463	0.2806	0.2202	-0.1185	0.4397	0.0474	-0.6022	0.2604	0.2732	0.0246	-0.0249	0.2839	0.0191	0.3505	-6.6232	18.9707	-23.6512
18	11.1204	3.8363	-4.9393	1.3234	-1.704	2.1939	1.9924	0.2645	0.2263	1.4259	-0.7789	-1.3884	0.9824	1.5341	-1.2135	0.5702	0.3984	-0.5261	0.8547	0.0826	1.3237	-1.3813	35.7214	-65.7347
19	2.2785	0.3803	-3.06	5.718	-0.1588	4.1316	0.8643	0.7561	-0.4753	-1.2846	-0.0322	0.9949	-0.4956	-0.2772	-0.8321	0.6119	0.2028	-0.4664	0.9061	0.0407	1.122	9.44	35.1046	-64.1616
20	0.7553	-1.6587	-2.115	3.9613	5.3767	7.6035	-0.0499	0.9527	-0.775	0.2304	0.4004	0.9645	0.5468	-0.789	-0.3506	0.2903	0.1975	-0.5441	0.7385	0.2578	1.6922	2.4045	29.8195	-59.0233
21	4.0601	-1.6376	-2.9757	9.2469	-0.3732	5.3037	0.2047	0.0184	-0.8819	-0.1306	-0.1384	1.0507	-0.0128	-0.0681	-0.0664	0.3248	0.0479	-0.3175	0.6494	0.1352	0.8807	12.1666	29.6848	-53.0975
22	5.1119	0.3619	1.3805	8.2052	-3.7057	4.4846	0.0783	-0.0208	-0.8367	-0.5635	0.3833	1.506	0.004	-0.2501	-0.4616	0.1781	0.1619	-0.2516	0.4641	0.183	0.8602	19.9307	26.3123	-47.7821
23	2.543	-2.4528	0.8157	3.9736	-1.8759	4.2346	-0.0401	-0.4641	-0.24	0.3975	0.345	1.2995	-0.3066	-0.3705	-0.3049	0.1606	0.1824	-0.0355	0.4179	0.1225	0.604	30.8202	20.984	-37.6292
24	2.0051	-0.1799	3.1373	2.0996	1.33	7.7122	-0.1807	-0.1688	0.2496	0.4543	0.081	0.3116	-0.1955	-0.0152	0.0997	0.3111	0.1297	-0.0079	0.3721	0.0413	0.2446	45.243	18.9499	-28.9143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	132 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	166 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	211 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	262 - 326
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	327 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	375 - 384
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	132 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	163 - 178
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	179 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	210 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	235 - 259
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	264 - 376
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	377 - 387
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	132 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	211 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	270 - 376
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	377 - 388
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	132 - 136
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	137 - 149
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	150 - 181
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	182 - 223
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	224 - 268
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	269 - 367
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	368 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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