PDB-3jxb: Crystal structure of the P22 c2 repressor protein in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jxb

タイトル

Crystal structure of the P22 c2 repressor protein in complex with synthetic operator 9C

要素

5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*A)-3'
5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*G)-3'
Repressor protein C2

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / protein-DNA complex / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Watkins, D. / Koudelka, G.B. / Williams, L.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Sequence Recognition of DNA by Protein-Induced Conformational Transitions
著者: Watkins, D. / Mohan, S. / Koudelka, G.B. / Williams, L.D.

履歴

登録	2009年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jxb.cif.gz	72 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jxb.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jxb_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jxb_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	3jxb_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	3jxb_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/3jxb	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	2r1j-d 3jxc-d 3od0-d 5azd-3 5azd-4 3jxd-d 7crx-d 6jy8-d 2z3r-7 3ogj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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複合体I (Complex I)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*A)-3'

B: 5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*G)-3'

C: Repressor protein C2

D: Repressor protein C2

27.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.602, 54.319, 114.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: DNA鎖	5'-D(CPAPTPTPTPAPAPGPAPCPGPTPCPTPTPAPAPAPTPA)-3' 分子量: 6116.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA Operator 9C
#2: DNA鎖	5'-D(TPAPTPTPTPAPAPGPAPCPGPTPCPTPTPAPAPAPTPG)-3' 分子量: 6147.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA Operator 9C
#3: タンパク質	Repressor protein C2 分子量: 7494.681 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domain: UNP residues 2-68 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 遺伝子: C2 / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P69202
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.72 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 400, NaCl, Tris-HCl, MgCl2, LiCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 400	1	1
2	NaCl	1	1
3	Tris-HCl	1	1
4	MgCl2	1	1
5	LiCl	1	1
6	PEG 400	1	2
7	NaCl	1	2
8	Tris-HCl	1	2
9	MgCl2	1	2
10	LiCl	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→19.9 Å / Num. all: 29254 / Num. obs: 29254 / % possible obs: 97.26 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 47.1
反射シェル	解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 2003 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2R1J

2r1j

解像度: 1.67→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 4.391 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	1501	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	27753	97.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.64 Å² / B_iso mean: 19.389 Å² / B_iso min: 7.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1031	814	0	300	2145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	2.494	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.318	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.738	23.478	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.655	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.156	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.234	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.623	1.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.882	2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.357	3	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.979	4.5	1767

LS精密化シェル

解像度: 1.67→1.713 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	106	-
R_work	0.276	1897	-
all	-	2003	-
obs	-	-	91.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1043	-3.3718	-1.8082	4.0237	0.276	8.9367	-0.0243	0.3897	-0.2267	-0.2439	-0.1106	0.3422	0.5432	-0.7128	0.1349	0.1225	0.0088	-0.0226	0.2323	0.0169	0.0761	2.217	-5.7382	-30.8765
2	6.4062	-3.8345	-0.9595	3.3919	-3.8956	18.3613	0.5242	-0.337	-0.1906	0.459	0.0569	0.3456	-0.7685	-0.9665	-0.581	0.0448	0.1342	0.0218	0.2204	0.0102	0.0755	-4.1011	0.8754	-15.0355
3	3.1413	-0.6858	0.0976	4.2652	2.268	6.3965	0.2608	0.091	0.3788	-0.283	-0.199	-0.1716	-0.7541	-0.5414	-0.0618	0.1373	0.082	0.0489	0.0425	0.0559	0.1165	8.6967	4.1224	-2.0141
4	3.2056	-1.4496	1.1956	1.7093	-1.6426	7.857	0.0087	-0.5506	0.5065	0.2117	0.1401	-0.0759	-1.2372	-0.3479	-0.1488	0.3554	0.0882	-0.0287	0.2138	-0.0707	0.1957	8.5749	9.3794	15.0455
5	1.8504	-0.2215	-4.287	0.0265	0.5131	9.9321	0.0205	-0.6885	0.2914	0.1323	0.1651	-0.3183	-0.8631	0.6466	-0.1857	0.1768	-0.0344	-0.096	0.1713	-0.0624	0.2075	15.953	3.995	14.2634
6	2.1623	-2.5335	1.0011	6.0891	-1.5129	13.4966	0.0739	-0.2412	0.2645	-0.3619	0.0464	0.2132	-1.1988	-1.1157	-0.1204	0.1717	0.1256	-0.0371	0.1577	-0.0064	0.1621	3.5429	7.9486	1.5955
7	4.9672	-0.6535	2.0521	0.7011	0.1761	4.5572	-0.0139	-0.1773	0.0149	0.1199	-0.0003	0.1167	-0.2171	-0.6935	0.0142	0.0286	0.0482	0.0293	0.1801	0.0508	0.0632	0.8557	-3.5462	-16.1261
8	23.5202	6.8712	-23.4313	10.3483	-11.6922	26.1594	0.0367	2.0746	0.3017	-0.6362	0.215	0.0792	-0.1886	-1.7625	-0.2517	0.1506	0.0173	-0.0638	0.5464	-0.0234	0.112	-4.1928	-2.153	-32.2896
9	3.4851	-0.1703	1.1386	29.1425	4.2294	6.1415	0.4213	-0.4369	-0.3059	-0.1038	-0.4115	0.6409	0.6891	-0.283	-0.0098	0.1019	-0.053	-0.0235	0.0403	0.0749	0.1032	13.0595	-14.7016	4.5652
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24	2.4205	1.0622	-3.3563	2.8202	1.1585	7.5949	0.1216	0.066	-0.1194	-0.2766	0.0538	-0.2625	0.2789	-0.0683	-0.1753	0.0362	0.0472	0.0071	0.0234	0.0353	0.0602	15.4594	-11.083	-13.6499
25	7.5363	5.715	2.1633	8.105	1.4743	5.4202	0.2134	0.3271	-0.4279	0.1994	0.0685	-0.4271	0.527	0.4826	-0.2819	0.0878	0.1013	0.0133	0.1416	-0.0115	0.1297	21.0975	-12.7958	-17.5942
26	12.567	-1.288	-4.9099	15.3988	-5.2404	18.1188	0.1675	-0.4164	0.1885	0.6184	-0.0279	-0.915	-0.0421	1.0054	-0.1396	-0.0385	0.0118	0.0151	0.2462	0.0297	0.102	24.827	-4.6235	-17.8656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	11 - 15
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	16 - 20
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	21 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	25 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	31 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	37 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 8
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	9 - 14
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	15 - 19
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	20 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	26 - 30
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	31 - 40
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	41 - 48
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	49 - 54
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	55 - 63
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	64 - 68
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	4 - 9
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	10 - 14
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	15 - 19
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	20 - 41
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	42 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	49 - 53
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	54 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	63 - 68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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