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万見
- PDB-2r1j: Crystal Structure of the P22 c2 Repressor protein in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r1j
タイトルCrystal Structure of the P22 c2 Repressor protein in complex with the synthetic operator 9T
要素
  • 5'-D(*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DA)-3'
  • 5'-D(*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DG)-3'
  • Repressor protein C2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Protein-DNA complex / Helix-turn-helix / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repressor protein C2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Williams, L.D. / Koudelka, G.B. / Watkins, D. / Hsiao, C. / Woods, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: P22 c2 repressor-operator complex: mechanisms of direct and indirect readout
著者: Watkins, D. / Hsiao, C. / Woods, K.K. / Koudelka, G.B. / Williams, L.D.
履歴
登録2007年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DA)-3'
A: 5'-D(*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DG)-3'
L: Repressor protein C2
R: Repressor protein C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5134
ポリマ－27,5134
非ポリマー00
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-39.4 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.105, 64.105, 101.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DCP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DA)-3'


分子量: 6115.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DAP*DTP*DAP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DG)-3'


分子量: 6146.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Repressor protein C2


分子量: 7625.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 遺伝子: c2 / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P69202
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: The initial crystallization solution contained 0.42 mM P22R NTD, 0.42 mM duplex d(5 TATTTAAGATATCTTAAATG3 ) -d(5 CATTTAAGATATCTTAAATA3 ), 45 mM Tris.HCl (pH 7.8), 19 mM NaCl, 1.9 mM glycerol, ...詳細: The initial crystallization solution contained 0.42 mM P22R NTD, 0.42 mM duplex d(5 TATTTAAGATATCTTAAATG3 ) -d(5 CATTTAAGATATCTTAAATA3 ), 45 mM Tris.HCl (pH 7.8), 19 mM NaCl, 1.9 mM glycerol, 11% PEG 400, 4.5 mM LiCl, 2.3mM MgCl2 and 0.91% MPD in a volume of 5.3 ul. The crystallization solution was equilibrated against a reservoir of 100 mM Tris.HCl (pH 7.8), 25% PEG 400, 10 mM LiCl, 5 mM MgCl2 and 2% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris.HCl11
2NaCl11
3glycerol11
4PEG 40011
5LiCl11
6MgCl211
7MPD11
8Tris.HCl12
9PEG 40012
10LiCl12
11MgCl212
12MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99997 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999971
211
反射解像度: 1.53→35 Å / Num. all: 60878 / Num. obs: 60878 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 47.1
反射 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 4319 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.847 / Packing: 0.311
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation3 Å15 Ågeneral98.4 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→35 Å / FOM work R set: 0.825 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 6068 9.8 %
Rwork0.204 --
obs-59833 96.9 %
溶媒の処理Bsol: 58.05 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 814 0 331 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.334
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.58 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 535 -
Rwork0.356 --
obs-5325 86.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep_tinoush.paramdna-rna_tinoush.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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