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万見
- PDB-3jwr: Crystal structure of chimeric PDE5/PDE6 catalytic domain complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwr
タイトルCrystal structure of chimeric PDE5/PDE6 catalytic domain complexed with 3-isobutyl-1-methylxanthine (IBMX) and PDE6 gamma-subunit inhibitory peptide 70-87.
要素
  • Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
  • cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera
キーワードHYDROLASE / mostly alpha / cGMP / Polymorphism / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / : / positive regulation of oocyte development / retinal cone cell development / regulation of opsin-mediated signaling pathway / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / G protein-coupled opsin signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle contraction ...Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / : / positive regulation of oocyte development / retinal cone cell development / regulation of opsin-mediated signaling pathway / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase / G protein-coupled opsin signaling pathway / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle contraction / phototransduction, visible light / oocyte development / enzyme inhibitor activity / RHOBTB1 GTPase cycle / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / photoreceptor outer segment membrane / spectrin binding / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cGMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / Smooth Muscle Contraction / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / visual perception / cAMP-mediated signaling / Activation of the phototransduction cascade / photoreceptor disc membrane / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily ...Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit superfamily / Retinal cGMP phosphodiesterase, gamma subunit / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.994 Å
データ登録者Barren, B. / Gakhar, L. / Muradov, H. / Boyd, K.K. / Ramaswamy, S. / Artemyev, N.O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of phosphodiesterase 6 inhibition by the C-terminal region of the gamma-subunit
著者: Barren, B. / Gakhar, L. / Muradov, H. / Boyd, K.K. / Ramaswamy, S. / Artemyev, N.O.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera
B: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera
C: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
D: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,22613
ポリマ－80,9354
非ポリマー1,2919
水30617
1
A: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera
C: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2247
ポリマ－40,4682
非ポリマー7565
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
2
B: cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera
D: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0026
ポリマ－40,4682
非ポリマー5344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.257, 125.651, 153.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 537:859 )
211chain B and (resseq 537:859 )
112chain C and (resseq 71:87 )
212chain D and (resseq 71:87 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase catalytic domain, Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha chimera / cGMP-binding cGMP-specific phosphodiesterase / CGB-PDE / cGMP phosphodiesterase 6C


分子量: 38282.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O76074, UniProt: P51160, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: タンパク質・ペプチド Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma / GMP-PDE gamma


分子量: 2185.436 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 70-87 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P18545, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 4種, 26分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-IBM / 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE / IBMX


分子量: 222.244 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O2 / コメント: 阻害剤, アンタゴニスト*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM HEPES, 1 M sodium citrate, 2.5% ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→40.41 Å / Num. all: 17916 / Num. obs: 17916 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_161)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3JWQ

3jwq


解像度: 2.994→40.413 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2797 921 5.15 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2155 17894 93.1 %-
all-17894 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.694 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.994→40.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5582 0 84 17 5683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0387826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.152117
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003993
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2629X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
21C141X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D141X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9938-3.15160.36721320.31872258X-RAY DIFFRACTION88
3.1516-3.34890.32511240.25692381X-RAY DIFFRACTION93
3.3489-3.60740.28151420.2222390X-RAY DIFFRACTION94
3.6074-3.97010.31611260.21272444X-RAY DIFFRACTION95
3.9701-4.54390.26461330.19392454X-RAY DIFFRACTION95
4.5439-5.72230.24521490.18252467X-RAY DIFFRACTION94
5.7223-40.41660.2131150.16872579X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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