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万見
- PDB-3jtc: Importance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jtc
タイトルImportance of Mg2+ in the Ca2+-Dependent Folding of the gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Vitamin K-Dependent clotting and anticlotting Proteins
要素
  • Endothelial protein C receptor
  • Vitamin K-dependent protein C
キーワードBLOOD CLOTTING / GLA (gamma-carboxyglutamic acid) residues / phospholipid binding groove / Ca ion binding / Blood coagulation / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Receptor / Transmembrane / Cleavage on pair of basic residues / Disease mutation / EGF-like domain / Gamma-carboxyglutamic acid / Hydrolase / Hydroxylation / Protease / Serine protease / Thrombophilia / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall ...protein C (activated) / positive regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of coagulation / negative regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of inflammatory response / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / signaling receptor activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / centrosome / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Endothelial protein C receptor / MHC-I family domain / : / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Endothelial protein C receptor / MHC-I family domain / : / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Vitamin K-dependent protein C / Endothelial protein C receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bajaj, S.P. / Vadivel, K. / Agah, S. / Cascio, D. / Krishnaswamy, S. / Esmon, C. / Padmanabhan, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Studies of gamma-Carboxyglutamic Acid Domains of Factor VIIa and Activated Protein C: Role of Magnesium at Physiological Calcium.
著者: Vadivel, K. / Agah, S. / Messer, A.S. / Cascio, D. / Bajaj, M.S. / Krishnaswamy, S. / Esmon, C.T. / Padmanabhan, K. / Bajaj, S.P.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial protein C receptor
B: Endothelial protein C receptor
C: Vitamin K-dependent protein C
D: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,10526
ポリマ－52,8124
非ポリマー3,29322
水7,332407
1
A: Endothelial protein C receptor
C: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,05313
ポリマ－26,4062
非ポリマー1,64711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
2
B: Endothelial protein C receptor
D: Vitamin K-dependent protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,05313
ポリマ－26,4062
非ポリマー1,64711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.220, 62.360, 71.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 10分子 ABCD

#1: タンパク質 Endothelial protein C receptor / Endothelial cell protein C receptor / Activated protein C receptor / APC receptor


分子量: 22046.562 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (UNP residues 18-210) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNN8
#2: タンパク質・ペプチド Vitamin K-dependent protein C / Autoprothrombin IIA / Anticoagulant protein C / Blood coagulation factor XIV / Vitamin K-dependent ...Autoprothrombin IIA / Anticoagulant protein C / Blood coagulation factor XIV / Vitamin K-dependent protein C light chain / Vitamin K-dependent protein C heavy chain / Activation peptide


分子量: 4359.409 Da / 分子数: 2 / 断片: GLA domain (UNP residues 43-75) / 由来タイプ: 天然
詳細: CLEAVAGE HAPPENED DURING CRYSTALLIZATION AND THE CRYSTAL CONTAINS ONLY THE N-TERMINAL DOMAIN (GLA DOMAIN) OF PROTEIN C.
由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P04070, protein C (activated)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 423分子

#4: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CLEAVAGE HAPPENED DURING CRYSTALLIZATION AND THE CRYSTAL CONTAINS ONLY THE N-TERMINAL DOMAIN (GLA ...CLEAVAGE HAPPENED DURING CRYSTALLIZATION AND THE CRYSTAL CONTAINS ONLY THE N-TERMINAL DOMAIN (GLA DOMAIN) OF PROTEIN C.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 400, potassium chloride, magnesium chloride, calcium chloride, HEPES, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年4月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 66375 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 27 / Rsym value: 0.043 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→23.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22648 3024 5.1 %RANDOM
Rwork0.19066 ---
obs0.19246 56575 89.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å21.12 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 198 407 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d1.450.0213695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5662.0335012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2495407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98223.064173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45715530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4721528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0320.0252841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.21724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1550.235
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.611.52050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.62323315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61231645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3714.51697
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.487 139 -
Rwork0.414 2850 -
obs--61.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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