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- PDB-3jsb: Crystal structure of the N-terminal domain of the Lymphocytic Cho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jsb
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of the Lymphocytic Choriomeningitis Virus L protein
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / VIRAL PROTEIN / VIZIER / Structural Genomics / Marseilles Structural Genomics Program @ AFMB / MSGP / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / RNA replication / RNA-directed RNA polymerase / Transferase / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, helical domain / Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / de novo design (two linked rop proteins) / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. ...RNA-directed RNA polymerase L, helical domain / Arenavirus RNA polymerase / RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / de novo design (two linked rop proteins) / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Morin, B. / Jamal, S. / Ferron, F.P. / Coutard, B. / Bricogne, G. / Canard, B. / Vonrhein, C. / Marseilles Structural Genomics Program @ AFMB (MSGP)
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2010
タイトル: The N-terminal domain of the arenavirus L protein is an RNA endonuclease essential in mRNA transcription
著者: Morin, B. / Coutard, B. / Lelke, M. / Ferron, F.P. / Kerber, R. / Jamal, S. / Frangeul, A. / Baronti, C. / Charrel, R. / de Lamballerie, X. / Vonrhein, C. / Lescar, J. / Bricogne, G. / Gunther, S. / Canard, B.
履歴
登録2009年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Refinement description
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4442
ポリマ－47,4442
非ポリマー00
水4,540252
1
A: RNA-directed RNA polymerase

A: RNA-directed RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4442
ポリマ－47,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area2040 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase

B: RNA-directed RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4442
ポリマ－47,4442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1990 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.010, 159.350, 52.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / Protein L


分子量: 23722.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-197 / 変異: S107T, N173D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Armstrong / 遺伝子: L / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express Iq (biolabs-C3016) / 参照: UniProt: P14240, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M-0.8M LiSo4, 50mM Citrate, 5-10% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9835 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→107.25 Å / Num. obs: 33999 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 48.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 27.1 / Num. measured all: 215459
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→42.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9405 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9353 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU B: 5.865 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.21 / SU R Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 1698 5 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.1997 33931 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.99 Å2 / Biso mean: 59.853 Å2 / Biso min: 27.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4191 Å20 Å20 Å2
2--2.3075 Å20 Å2
3----4.7266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.297 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 0 252 3211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013073HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.144162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1136SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes444HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3073HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion401SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3674SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 115 4.59 %
Rwork0.2002 2390 -
all0.2003 2505 -
obs--97.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.09311.0451-2.08341.2214-0.64441.2586-0.15530.8513-0.4855-0.21940.05070.04580.015-0.22220.1045-0.19930.01430.0051-0.0787-0.0845-0.230414.51838.453331.0167
21.18110.88510.36752.11971.2190.96030.0891-0.2213-0.33330.3418-0.02920.0090.28450.1129-0.0599-0.09730.05530.0134-0.10080.0415-0.066338.977117.638333.2552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1Chain AA-1 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2Chain BB-2 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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