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- PDB-6xdb: Crystal structure of IRE1a in complex with G-6904 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xdb
タイトルCrystal structure of IRE1a in complex with G-6904
要素Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / RNAse / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / peptidyl-serine autophosphorylation / platelet-derived growth factor receptor binding ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / peptidyl-serine autophosphorylation / platelet-derived growth factor receptor binding / IRE1-RACK1-PP2A complex / endothelial cell proliferation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / nuclear inner membrane / IRE1-mediated unfolded protein response / mRNA catabolic process / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / regulation of macroautophagy / cellular response to unfolded protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RNA endonuclease activity / Hsp70 protein binding / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA splicing / Hsp90 protein binding / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / cellular response to hydrogen peroxide / unfolded protein binding / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N8S / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wallweber, H.A. / Weiru, W.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of BRaf-Sparing Amino-Thienopyrimidines with Potent IRE1 alpha Inhibitory Activity.
著者: Beveridge, R.E. / Wallweber, H.A. / Ashkenazi, A. / Beresini, M. / Clark, K.R. / Gibbons, P. / Ghiro, E. / Kaufman, S. / Larivee, A. / Leblanc, M. / Leclerc, J.P. / Lemire, A. / Ly, C. / ...著者: Beveridge, R.E. / Wallweber, H.A. / Ashkenazi, A. / Beresini, M. / Clark, K.R. / Gibbons, P. / Ghiro, E. / Kaufman, S. / Larivee, A. / Leblanc, M. / Leclerc, J.P. / Lemire, A. / Ly, C. / Rudolph, J. / Schwarz, J.B. / Srivastava, S. / Wang, W. / Zhao, L. / Braun, M.G.
履歴
登録2020年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3833
ポリマ－49,5611
非ポリマー8222
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.652, 168.441, 101.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 / Inositol-requiring protein 1 / hIRE1p / Ire1-alpha / IRE1a


分子量: 49560.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN1, IRE1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-N8S / 4-amino-N-(6-chloro-2-fluoro-3-{[(2-fluorophenyl)sulfonyl]amino}phenyl)-6-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)quinazoline-8-carboxamide


分子量: 583.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H20ClF2N7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 42% PEG200, 1 M Lithium chloride, 3% w/v 6-Aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.523 Å / Num. obs: 22097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 64.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.586.60.8822084531680.760.3690.9571.5100
7.75-43.525.60.02243807770.9990.010.02443.799.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.28データスケーリング
PHENIX1.12-2829_final精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6URC

6urc


解像度: 2.45→43.523 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 2000 4.79 %
Rwork0.193 39789 -
obs0.1948 22073 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.21 Å2 / Biso mean: 79.0287 Å2 / Biso min: 37.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→43.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3268 0 55 20 3343
Biso mean--89.89 73.75 -
残基数----404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6274605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3842042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4501-2.51140.32171390.28322814
2.5114-2.57930.28071440.27282870
2.5793-2.65520.33221580.2782822
2.6552-2.74080.25841330.25222863
2.7408-2.83880.29171330.24162856
2.8388-2.95240.24581410.23382813
2.9524-3.08680.24891470.23682822
3.0868-3.24950.30311230.24692886
3.2495-3.4530.25221540.23222794
3.453-3.71940.23451340.19662888
3.7194-4.09350.19741580.18542828
4.0935-4.68520.19711350.14812840
4.6852-5.90060.19911370.17472856
5.9006-43.5230.21211640.15732837
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7354-0.0565-0.42460.7808-0.16970.8330.00220.0844-0.5838-0.17620.1819-0.40090.5508-0.10870.00010.7528-0.0763-0.0260.47230.06690.8783-10.8004-42.886822.1981
22.07560.07710.57561.4746-0.59512.2121-0.1681-0.0812-0.1495-0.10950.0517-0.03080.0746-0.252-00.4015-0.02210.07130.4823-0.00710.4386-19.4093-20.213815.8578
31.26620.46520.32122.1373-0.18091.6756-0.1528-0.06460.30120.3452-0.0483-0.3226-0.4222-0.118300.73990.0495-0.21120.5128-0.05620.5582-12.737410.273622.7674
4-0.0738-0.14420.2740.02960.09830.0962-0.37630.6648-0.0154-0.5983-0.063-0.56340.67570.24090.01360.56870.05120.11750.65160.09780.6758-14.3647-17.74169.095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 561:644A561 - 644
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resi 645:832) or (chain L and resi 1)A645 - 832
3X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resi 1001)L - A1001
4X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resi 833:964)A833 - 964
5X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resi 1002)S - A1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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