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万見
- PDB-3js5: Crystal structure of protein tyrosine phosphatase from Entamoeba ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3js5
タイトルCrystal structure of protein tyrosine phosphatase from Entamoeba histolytica with Hepes in the active site. High resolution, alternative crystal form with 1 molecule in asymmetric unit
要素Protein tyrosine phosphatase
キーワードHYDROLASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / parasitic protozoan / dysentery / phosphotyrosine / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
: / Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure and putative substrate identification for the Entamoeba histolytica low molecular weight tyrosine phosphatase.
著者: Linford, A.S. / Jiang, N.M. / Edwards, T.E. / Sherman, N.E. / Van Voorhis, W.C. / Stewart, L.J. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Petri, W.A.
履歴
登録2009年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
改定 1.32014年4月9日Group: Database references
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6443
ポリマ－20,3821
非ポリマー2612
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.433, 60.195, 72.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase


分子量: 20382.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_153650 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LSE7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PACT screen condition E6, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate. 0.4:0.4 microliter drops. 31.7 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% Glycerol, 2 mM DTT. Crystal tracking ID ...詳細: PACT screen condition E6, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate. 0.4:0.4 microliter drops. 31.7 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% Glycerol, 2 mM DTT. Crystal tracking ID 204749e6, expression tag not removed prior to crystallization, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 12697 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.94→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1069 / Χ2: 0.971 / % possible all: 84.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.22 Å30.97 Å
Translation2.22 Å30.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IDO

3ido


解像度: 1.94→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.173 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 6.815 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / SU Rfree: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 643 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.169 12657 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.75 Å2 / Biso mean: 17.165 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1245 0 16 164 1425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.9741734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3355157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.04924.42661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80115234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.48157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.51.5778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96521257
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6363510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6634.5476
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.991 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 45 -
Rwork0.215 729 -
all-774 -
obs--82.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54860.6998-0.05131.917-0.46790.57850.00180.02740.00050.1503-0.0266-0.0126-0.02980.0590.02490.074-0.0121-0.00580.04540.00190.0425-18.02969.3309-5.0678
21.50630.02960.22081.42370.4240.33490.00520.0335-0.01960.029-0.0068-0.0859-0.08470.03540.00160.053-0.0176-0.01150.0530.01220.0219-17.424610.5212-8.9752
33.9220.11450.63831.080.09110.32660.10820.159-0.1398-0.1445-0.0253-0.11840.1040.1325-0.0830.08330.03470.01330.0873-0.0570.0613-13.55310.8032-16.2196
40.4067-0.38250.28122.223-0.21520.80650.01580.1461-0.03730.0776-0.020.13480.0484-0.00070.00420.0632-0.00660.00570.0806-0.01520.0404-25.0214.9143-12.86
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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