PDB-3js3: Crystal structure of type I 3-dehydroquinate dehydratase (aroD) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3js3

タイトル

Crystal structure of type I 3-dehydroquinate dehydratase (aroD) from Clostridium difficile with covalent reaction intermediate

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE / Type I 3-Dehydroquinate Dehydratase / aroD / covalent reaction intermediate / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / Schiff base / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates.
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Duban, M.E. / Caffrey, M. / Anderson, W.F. / Lavie, A.

履歴

登録	2009年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3js3.ent.gz	173.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3js3_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	3js3_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	3js3_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3js3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/3js3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3m7wC 3nntC 1qfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cnp-d 6sfe-d 1l9w-1 4cno-3 3o1n-d 4guj-d 3l2i-d 4cno-4 4gfs-d 3m7w-2 3m7w-1 6h5g-1 3m7w-3 1qfe-d 4gui-d 4cnn-d 4cno-2 5tnp-1 6h5j-1 3lb0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90163

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

C: 3-dehydroquinate dehydratase

D: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 3-dehydroquinate dehydratase

B: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 3-dehydroquinate dehydratase

D: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.472, 139.619, 66.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase 分子量: 29188.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: aroD, CD2217 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q186A6, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-DHS / 3-AMINO-4,5-DIHYDROXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLATE 分子量: 172.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀NO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein solution: 7.5mg/mL, 0.25M NaCl, 1mM 3-dehydroshikimate, Tris-HCl pH 8.3. Screen solution: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 10% w/v PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 / 詳細: Diamond
放射	モノクロメーター: Beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 55938 / Num. obs: 55938 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 44.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2854 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1QFE

1qfe

解像度: 2.2→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 15.386 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Individual isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24147	2839	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18889	-	-	-
all	0.19161	53068	-	-
obs	0.19161	53068	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8032	0	44	318	8394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	1.989	11162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	14255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.732	5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.985	25.257	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.071	15	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.843	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8981
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.5	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.267	1.5	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.758	2	8312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.038	3	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.556	4.5	2850

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	214	-
R_work	0.28	3814	-
obs	-	3814	98.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0256	2.4314	-3.5084	4.1688	-1.5285	4.926	-0.2278	-0.3157	-0.3096	-0.0572	0.1584	-0.0532	0.4798	0.1839	0.0694	0.1835	0.0497	0.0038	0.1193	0.1078	0.1255	0.0266	11.7266	2.2027
2	6.291	0.2416	-3.3408	3.9897	-1.9462	5.9779	-0.2561	0.0292	-0.3767	-0.0543	0.4171	0.1299	0.7382	-0.6867	-0.161	0.1643	-0.1012	-0.0418	0.2129	0.1556	0.1545	-10.2805	8.6261	5.4511
3	5.0325	-1.0184	-0.9351	4.8614	-3.647	6.2394	0.1792	-0.4067	0.2369	0.5063	0.7406	0.8287	-0.5857	-1.1979	-0.9198	0.1175	0.0936	0.124	0.3231	0.1778	0.2743	-12.839	20.2844	9.7263
4	3.0453	0.5853	-2.2255	2.6782	-2.3227	7.6281	0.5343	-0.3839	0.5759	0.5333	0.1802	0.3711	-1.0957	-0.3783	-0.7145	0.2649	0.0514	0.169	0.1527	0.0085	0.262	-5.1447	27.1739	6.9834
5	3.5007	0.0851	-1.8729	2.0685	-0.4884	5.0298	0.2472	-0.0103	0.3973	-0.0425	0.0768	0.0496	-0.3289	-0.0852	-0.3241	0.1116	0.0335	0.0523	0.052	0.0709	0.1587	2.7444	23.8049	-6.2949
6	5.209	-1.8606	-3.2155	4.0594	1.3975	6.1414	0.0711	0.7018	-0.2576	-0.0483	-0.3641	-0.2233	0.2698	-0.3012	0.293	0.0536	-0.0157	-0.0065	0.1973	0.0392	0.0859	19.0188	11.9641	-38.0998
7	5.174	-1.4001	-1.7501	4.3262	1.7312	8.185	0.3248	0.206	-0.2776	-0.186	-0.5759	-0.2225	0.308	-0.6132	0.2511	0.0674	0.0399	0.0461	0.2744	0.1374	0.1549	20.354	13.2233	-40.2561
8	5.7354	-1.5063	-2.8797	5.4992	2.8831	8.3043	0.6609	0.4363	0.5781	-0.4805	-0.1263	-0.9058	-1.2455	0.3498	-0.5347	0.2676	0.0449	0.1631	0.2912	0.1998	0.2796	25.913	25.2234	-42.7576
9	3.035	-1.1666	-1.967	1.6417	1.0321	6.9338	0.6292	0.458	0.4944	-0.3359	-0.2233	-0.2331	-0.9944	-0.2653	-0.4058	0.2191	0.0744	0.1081	0.1181	0.1286	0.1617	13.6176	28.5502	-28.7598
10	22.7193	-2.5725	-2.1777	6.7067	0.8107	8.4107	-0.1389	-1.0757	0.3946	0.0202	0.0116	-0.2993	0.6848	-0.2872	0.1273	0.2439	-0.0211	0.0478	0.1141	0.0125	0.0558	9.9685	12.3853	-23.2334
11	6.1374	-0.3915	1.7429	2.9067	-0.303	4.126	-0.1999	0.4406	0.1782	-0.0094	0.1074	-0.2354	-0.4859	0.2777	0.0925	0.1877	-0.0995	-0.0507	0.1098	0.0623	0.08	0.5206	-3.7773	-35.5038
12	5.479	0.5568	2.2513	3.186	-0.1392	3.8393	-0.2831	0.438	0.4604	-0.0399	0.1872	0.1056	-0.5343	-0.2922	0.0959	0.1867	-0.004	-0.0351	0.1614	0.1019	0.101	-9.8195	-1.8295	-38.7045
13	7.4384	0.1362	1.1339	2.9708	-1.1298	4.3376	0.0391	0.6263	-0.5652	-0.3077	0.1523	0.2936	0.2691	-0.4635	-0.1913	0.1518	-0.0951	-0.0629	0.1654	-0.0159	0.0869	-11.234	-13.5024	-44.0519
14	3.053	-0.1987	1.5036	2.039	-1.2226	6.0868	0.262	0.4553	-0.514	-0.4061	0.1665	-0.0457	0.7324	-0.0335	-0.4285	0.2085	-0.0486	-0.0822	0.1147	-0.0439	0.1681	-3.3645	-18.5457	-40.515
15	3.8359	-0.4066	1.2666	2.1365	-0.0199	3.8783	0.1413	0.1222	-0.4263	0.0586	0.0698	-0.0551	0.1612	0.1299	-0.2111	0.1238	-0.047	-0.0639	0.0536	0.0318	0.1256	3.5137	-15.7357	-26.9955
16	3.8489	1.1899	2.4344	2.6527	1.8003	3.66	-0.0079	-0.5774	0.2666	-0.0625	-0.2247	-0.0353	-0.1854	-0.3632	0.2326	0.0424	0.001	-0.0117	0.1809	0.0347	0.0871	18.8407	-3.0887	5.7243
17	6.9117	0.9651	2.1293	3.2553	1.3274	4.2085	0.1172	-0.4385	-0.347	0.2281	0.0455	-0.2835	0.3698	-0.2661	-0.1627	0.0862	-0.0584	-0.0616	0.1952	0.1309	0.1267	24.8764	-11.4266	9.0084
18	3.5324	0.624	2.2742	1.1705	0.0976	6.127	0.5526	-0.3438	-0.7588	0.2228	-0.0934	-0.2149	0.8958	0.0802	-0.4593	0.2375	-0.0433	-0.1497	0.1116	0.1429	0.2443	17.3807	-23.0086	-0.4227
19	3.8187	2.0875	0.6227	2.9451	-0.1706	2.5294	0.3099	-0.1786	-0.2943	0.1384	-0.171	0	0.218	-0.2166	-0.1389	0.0702	-0.0351	-0.0586	0.0804	0.0555	0.0923	9.7242	-16.9546	-6.6565
20	9.9323	-2.2025	0.9401	6.845	-0.0938	7.1326	-0.3576	0.7541	0.1008	-0.1197	0.037	-0.3159	-0.8824	0.0068	0.3206	0.335	0.0024	-0.0358	0.2088	0.089	0.092	11.1106	-3.7536	-9.5431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	119 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	153 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	69 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	87 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	131 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	231 - 253
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 33
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	34 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	89 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	123 - 152
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	153 - 253
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 72
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	73 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	115 - 192
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	193 - 228
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	229 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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