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万見
- PDB-3jrc: Crystal structure of Fis bound to 27 bp DNA F29 containing 5 G/Cs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jrc
タイトルCrystal structure of Fis bound to 27 bp DNA F29 containing 5 G/Cs at center
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • DNA-binding protein fis
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / HTH domain / minor groove compression / DNA bending / indirect recognition / activator / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex ...invertasome / positive regulation of DNA recombination / sequence-specific DNA binding, bending / provirus excision / nucleoid / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / chromosome organization / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / response to radiation / nucleosome / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein Fis / : / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein Fis
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Stella, S. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: The shape of the DNA minor groove directs binding by the DNA-bending protein Fis.
著者: Stella, S. / Cascio, D. / Johnson, R.C.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein fis
B: DNA-binding protein fis
C: DNA (27-MER)
D: DNA (27-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0964
ポリマ－39,0964
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.480, 93.640, 155.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein fis


分子量: 11252.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: fis, b3261, JW3229 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6R3
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8361.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8228.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.25 M Sodium citrate, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5, 40% PEG 400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→90 Å / Num. obs: 11654 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Χ2: 1.565 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.214.50.6267351.242161.2
3.21-3.345.40.4359651.414178.5
3.34-3.496.30.41811241.477192.1
3.49-3.687.90.41712141.305198
3.68-3.918.80.33412221.355199.8
3.91-4.219.10.25412241.4521100
4.21-4.638.90.17512521.591100
4.63-5.38.30.14912611.5661100
5.3-6.687.80.14112751.723199.9
6.68-9010.30.09413822.01199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IV5

3iv5


解像度: 3.08→80.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.367 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 488 4.7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 10306 83.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.92 Å2 / Biso mean: 63.353 Å2 / Biso min: 53.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→80.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1501 1101 0 2 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.021520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2152.4713936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97133777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2525187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02825.675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.03715301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2131511
X-RAY DIFFRACTIONCHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A''3)0.0520.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.21697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.20.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21090
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0990.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1370.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.25
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A''2)0.3551.51232
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A''2)0.0241.5382
X-RAY DIFFRACTIONMAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A''2)0.24921506
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A''2)0.51432383
X-RAY DIFFRACTIONSIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A''2)0.6274.52430
LS精密化 シェル解像度: 3.081→3.161 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 3 -
Rwork0.332 78 -
all-81 -
obs--9.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5643-1.18980.04055.34920.48754.6093-0.1496-0.2332-0.01890.45280.1813-0.22020.70150.1092-0.0317-0.158-0.02570.01210.0525-0.0283-0.238112.99810.64338.7646
23.33010.75350.07055.61220.02184.0911-0.0016-0.2988-0.00250.12350.01150.03340.347-0.0473-0.0099-0.258-0.00940.0233-0.0139-0.0106-0.23569.889511.09452.0211
31.34430.17682.92870.7590.76787.47390.77-0.0846-0.87040.27190.38570.06441.8980.4254-1.15570.65020.0463-0.07980.29390.06380.100411.681-10.19145.135
41.12170.21082.55520.42270.863610.64810.6152-0.0848-0.84490.22570.387-0.01491.93840.074-1.00230.66230.0394-0.12180.1858-0.05280.069410.7747-10.15875.6939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 27
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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