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- PDB-3jqz: Crystal Structure of Human serum albumin complexed with Lidocaine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jqz
タイトルCrystal Structure of Human serum albumin complexed with Lidocaine
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ALBUMIN / CARRIER PROTEIN / DRUG-BINDING / Lidocaine / Alternative splicing / Cleavage on pair of basic residues / Copper / Disease mutation / Disulfide bond / Glycation / Glycoprotein / Lipid-binding / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(diethylamino)-N-(2,6-dimethylphenyl)ethanamide / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hein, K.L. / Kragh-Hansen, U. / Morth, J.P. / Nissen, P.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic analysis reveals a unique lidocaine binding site on human serum albumin.
著者: Hein, K.L. / Kragh-Hansen, U. / Morth, J.P. / Jeppesen, M.D. / Otzen, D. / Moller, J.V. / Nissen, P.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,3773
ポリマ－133,1422
非ポリマー2341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area53680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.476, 168.476, 97.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLNGLNchain A, 1-196AA1 - 1961 - 196
21ASPASPGLNGLNchain B, 1-196BB1 - 1961 - 196
12ARGARGILEILEchain A, 197-388AA197 - 388197 - 388
22ARGARGILEILEchain B, 197-388BB197 - 388197 - 388
13LYSLYSALAALAchain A, 389-582AA389 - 582389 - 582
23LYSLYSALAALAchain B, 389-582BB389 - 582389 - 582

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物 ChemComp-LQZ / 2-(diethylamino)-N-(2,6-dimethylphenyl)ethanamide / リドカイン


分子量: 234.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-21% polyethylene glycol 6000, 9-10% ethylene glycol, 50/100mM ammonium acetate, 2% 2-methyl-2,4-pentanediol, 50mM Tris-HCl, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→119.523 Å / Num. all: 20529 / Num. obs: 20507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 110.675 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 13.04
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique all: 3249 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BXE

2bxe


解像度: 3.3→44.928 Å / SU ML: -0 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2682 1054 5.14 %Random
Rwork0.2203 ---
obs0.2227 20503 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 98.279 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 142.359 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→44.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9262 0 17 0 9279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71512762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3075880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031665
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.228
21A1526X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1526X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.943
31A1529X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1529X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.813
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3002-3.45030.361410.32912368X-RAY DIFFRACTION100
3.4503-3.63220.35211290.30472408X-RAY DIFFRACTION100
3.6322-3.85960.34641250.28592436X-RAY DIFFRACTION100
3.8596-4.15740.33321500.23722419X-RAY DIFFRACTION100
4.1574-4.57550.26051280.21412429X-RAY DIFFRACTION100
4.5755-5.23670.22851240.2042446X-RAY DIFFRACTION100
5.2367-6.59430.3191360.23632442X-RAY DIFFRACTION100
6.5943-44.93210.1831210.15622501X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.5228-0.0628-0.59483.4313-0.72732.704-0.00270.30870.27310.28560.56150.3667-0.2059-0.129-0.57260.91160.10510.1270.89010.15951.237120.2206-15.4854-53.7831
22.45731.7417-1.56882.20810.70665.0081-0.09460.05160.0845-0.14380.36360.13510.11640.0754-0.26231.1055-0.0483-0.22551.12490.23291.5283
31.78680.1451-0.84454.0443-0.75551.29850.1482-0.85090.04490.7777-0.0213-0.1602-0.23610.4079-0.13621.29560.09630.04111.5511-0.32341.0268
43.6233-0.4001-0.76523.8606-0.54122.36090.3775-0.0249-0.1324-0.46320.1168-0.31210.1775-0.2993-0.50921.4528-0.1297-0.33561.28080.26211.1649
53.8279-0.4596-2.1873.40491.41115.4256-0.02690.5262-0.2558-0.217-0.011-0.15760.0534-0.17560.03180.87830.0478-0.05410.98830.03020.8383
62.3441-0.06840.50972.7749-1.47936.96850.3679-0.00750.3061-0.11190.1020.5195-0.04910.5287-0.48250.978-0.14370.01861.08580.17190.8697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A, 1-196A1 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2chain B, 1-196B1 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3chain A, 197-388A197 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4chain B, 197-388B197 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5chain A, 389-582A389 - 582
6X-RAY DIFFRACTION6chain B, 389-582B389 - 582

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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