PDB-3jqc: Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jqc

タイトル

Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor 2-amino-6-bromo-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile (JU2)

要素

Pteridine reductase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PTERIDINE REDUCTASE / PTR1 / TRYPANOSOMA BRUCEI / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

pteridine reductase / pteridine reductase activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based design of pteridine reductase inhibitors targeting african sleeping sickness and the leishmaniases.
著者: Tulloch, L.B. / Martini, V.P. / Iulek, J. / Huggan, J.K. / Lee, J.H. / Gibson, C.L. / Smith, T.K. / Suckling, C.J. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2009年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2010年1月19日	ID: 3BMI
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jqc.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jqc.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3jqc_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3jqc_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	3jqc_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	3jqc_validation.cif.gz	65 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/3jqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/3jqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bmcC 3bmnC 3bmoC 3bmqC 3jq6C 3jq7C 3jq8C 3jq9C 3jqaC 3jqbC 3jqdC 3jqeC 3jqfC 3jqgC 2c7vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jqg-d 6gey-d 3jqe-d 4cle-d 6gd4-d 4cm5-d 4cm9-d 2wd7-d 6gdp-d 3jqf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pteridine reductase 1

B: Pteridine reductase 1

C: Pteridine reductase 1

D: Pteridine reductase 1

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.862, 89.114, 84.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 204
2	1	1	3	B	1 - 204
3	1	1	3	C	1 - 204
4	1	1	3	D	1 - 204
1	2	1	3	A	225 - 270
2	2	1	3	B	225 - 270
3	2	1	3	C	225 - 270
4	2	1	3	D	225 - 270
1	1	2	3	A	205 - 224
2	1	2	3	D	205 - 224

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Pteridine reductase 1 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 102-369 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PTR1, Tb927.8.2210 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q581W1, pteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-JU2 / 2-amino-6-bromo-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile 分子量: 254.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₄BrN₅O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 2-3M Sodium acetate, 10-100mM Sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM16 / 波長: 0.97897 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月20日

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97897 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→27.65 Å / Num. obs: 84262 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	2.7	0.377	2	23557	8604	0.377	65.2
1.9-2.01	3	0.234	3.1	33256	11180	0.234	89.6
2.01-2.15	3.2	0.144	5.3	37527	11568	0.144	98.8
2.15-2.32	3.2	0.092	8.3	34685	10833	0.092	99
2.32-2.55	3.2	0.065	11.5	31702	10005	0.065	99.2
2.55-2.85	3	0.043	16.9	27470	9028	0.043	99.4
2.85-3.29	3	0.027	23.4	23982	8020	0.027	99.6
3.29-4.02	2.9	0.02	27.8	19583	6789	0.02	99.7
4.02-5.69	2.8	0.018	26.1	14836	5300	0.018	99.9
5.69-27.65	2.7	0.015	25.4	8020	2935	0.015	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.17	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2C7V

2c7v

解像度: 1.8→27.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.159 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.869 / SU B: 5.902 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / SU R_free: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	4262	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	79975	-	-
obs	0.17	84237	92.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.88 Å² / B_iso mean: 18.318 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.12 Å²	0 Å²	-1.05 Å²
2-	-	2.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7428	0	248	731	8407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	7964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	2.002	10890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.583	5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.71	24.267	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.915	15	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.915	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	4478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	5506
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.751	6	5194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.514	9	8120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.272	12	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.387	15	2754

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	888	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	B	888	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	C	888	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	D	888	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	A	761	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
1	B	761	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
1	C	761	LOOSE POSITIONAL	0.52	5
1	D	761	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
1	A	888	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	B	888	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	C	888	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	D	888	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	A	761	LOOSE THERMAL	2.64	10
1	B	761	LOOSE THERMAL	2.47	10
1	C	761	LOOSE THERMAL	2.48	10
1	D	761	LOOSE THERMAL	2.63	10
2	A	80	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	A	82	LOOSE POSITIONAL	0.83	5
2	A	80	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
2	A	82	LOOSE THERMAL	3.88	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	194	-
R_work	0.303	3845	-
all	-	4039	-
obs	-	-	60.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3185	0.0749	0.1435	0.4293	-0.0146	0.3671	-0.0097	0.0993	0.011	-0.0229	-0.0051	-0.0307	0.024	0.1136	0.0148	-0.0315	0.0153	0.0073	0.0056	0.0138	-0.0203	11.5282	-1.6664	9.4717
2	0.417	0.0555	-0.0886	0.1227	0.0554	0.6838	-0.0001	0.0894	0.0287	0.002	0.0153	0.0211	0.0178	-0.0584	-0.0152	-0.0217	0.0017	-0.0096	-0.0263	0.0145	-0.017	-17.7311	6.0502	-0.893
3	0.547	-0.0282	0.1804	0.1407	-0.1865	0.5474	-0.0381	-0.0636	0.0247	0.0242	0.0331	-0.0164	-0.0352	0.0494	0.005	-0.0025	0.0004	-0.0063	-0.0417	-0.0057	-0.0186	1.7708	8.0418	37.8194
4	0.6582	-0.0728	0.2481	0.1144	-0.0507	0.656	0	-0.0542	-0.052	0.0259	0.031	0.0205	0.0665	-0.1248	-0.031	-0.0148	-0.0132	0.0092	-0.0288	0.0128	-0.0021	-27.5708	-0.3559	28.3349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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