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- PDB-3j1s: Structure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j1s
タイトルStructure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20
要素
  • A20 heavy chain
  • A20 light chain
  • Capsid protein VP1
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / Epitope / Fab / gene therapy / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Chapman, M.S. / McCraw, D.M.
引用ジャーナル: Virology
タイトル: Structure of adeno-associated virus-2 in complex with neutralizing monoclonal antibody A20.
著者: Dustin M McCraw / Jason K O'Donnell / Kenneth A Taylor / Scott M Stagg / Michael S Chapman /
要旨: The use of adeno-associated virus (AAV) as a gene therapy vector is limited by the host neutralizing immune response. The cryo-electron microscopy (EM) structure at 8.5Å resolution is determined for ...The use of adeno-associated virus (AAV) as a gene therapy vector is limited by the host neutralizing immune response. The cryo-electron microscopy (EM) structure at 8.5Å resolution is determined for a complex of AAV-2 with the Fab' fragment of monoclonal antibody (MAb) A20, the most extensively characterized AAV MAb. The binding footprint is determined through fitting the cryo-EM reconstruction with a homology model following sequencing of the variable domain, and provides a structural basis for integrating diverse prior epitope mappings. The footprint extends from the previously implicated plateau to the side of the spike, and into the conserved canyon, covering a larger area than anticipated. Comparison with structures of binding and non-binding serotypes indicates that recognition depends on a combination of subtle serotype-specific features. Separation of the neutralizing epitope from the heparan sulfate cell attachment site encourages attempts to develop immune-resistant vectors that can still bind to target cells.
履歴
登録2012年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22012年7月4日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5424
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5424
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: A20 light chain
H: A20 heavy chain
A: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1543
ポリマ－106,1543
非ポリマー00
水00
1
L: A20 light chain
H: A20 heavy chain
A: Capsid protein VP1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,369,234180
ポリマ－6,369,234180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: A20 light chain
H: A20 heavy chain
A: Capsid protein VP1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 531 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)530,77015
ポリマ－530,77015
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
L: A20 light chain
H: A20 heavy chain
A: Capsid protein VP1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 637 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)636,92318
ポリマ－636,92318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: 抗体 A20 light chain


分子量: 23603.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab' / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 A20 heavy chain


分子量: 23777.314 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab' / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Capsid protein VP1 / Coat protein VP1


分子量: 58772.625 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Adeno-associated virus - 2 (アデノ随伴ウイルス)
参照: UniProt: P03135
Has protein modificationY
配列の詳細DUE TO IN-FRAME ALTERNATIVE SPLICING, THE AAV-2 CAPSID PROTEIN IN THIS ENTRY IS A 1:1:10 MIXTURE OF ...DUE TO IN-FRAME ALTERNATIVE SPLICING, THE AAV-2 CAPSID PROTEIN IN THIS ENTRY IS A 1:1:10 MIXTURE OF ISOFORMS VP1, VP2, AND VP3. THE SEQUENCE MODELED (UNP RESIDUES 217-735) IS COMMON TO ALL THREE ISOFORMS. THE VARIABLE DOMAINS OF FAB' A20 (RESIDUES 1-107 OF THE LIGHT CHAIN AND RESIDUES 1-120 OF THE HEAVY CHAIN) ARE A HOMOLOGY MODEL DERIVED FROM SEQUENCING INFORMATION. THE CONSERVED CONSTANT DOMAINS (RESIDUES 108-214 OF THE LIGHT CHAIN AND RESIDUES 121-218 OF THE HEAVY CHAIN) ARE FROM PDB ENTRY 1OSP AND ARE AN APPROXIMATION OF THE ACTUAL SEQUENCE OF FAB' A20.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID由来
1Adeno-associated virus-2 in complex with monoclonal antibody A20COMPLEX60 A20 Fab's bind to one adeno-associated virus (one adeno-associated virus consists of 60 viral proteins). Infectious DNA-containing particle (DNA not resolved)0MULTIPLE SOURCES
2Antibody Fab' fragmentCOMPLEXFab' fragment generated by pepsin cleavage of A20 IgG antibody.1NATURAL
3Antibody Fab' fragmentCOMPLEXFab' fragment generated by pepsin cleavage of A20 IgG antibody.1NATURAL
4Viral proteinVIRUSViral capsid protein monomer for AAV-21NATURAL
分子量値: 6.9 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細詳細: Single-stranded DNA Parvovirus / 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens / 株: HeLa
緩衝液名称: 100 mM HEPES, 50 mM magnesium chloride, 5% glycerol / pH: 7.2 / 詳細: 100 mM HEPES, 50 mM magnesium chloride, 5% glycerol
試料濃度: 0.14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 100 mM HEPES, 50 mM magnesium chloride, 5% glycerol
試料支持詳細: 400 mesh carbon grid with holey carbon support
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 2.0 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot Mark IV).
手法: Blot for 2.0 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年2月23日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: SPOT SCAN / Electron beam tilt params: 0
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 39775 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -500 nm / Cs: 2.7 mm
非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: Nitrogen cooled / 温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN
画像スキャンデジタル画像の数: 1503

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1ACECTF補正
2RSRefモデルフィッティング
3Appion３次元再構成
4EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: Whole image
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: Common-lines / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 11898 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.45 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.45 Å
詳細: A20 FAB' WAS MODELED AS THE COMBINATION OF A HOMOLOGY MODEL AND SEQUENCE SEGMENTS EXCERPTED FROM PDB ENTRY 1OSP (SEE REMARK 999 FOR DETAILS). THE AUTHORS STATE THAT ANY INCORRECT PEPTIDE BOND ...詳細: A20 FAB' WAS MODELED AS THE COMBINATION OF A HOMOLOGY MODEL AND SEQUENCE SEGMENTS EXCERPTED FROM PDB ENTRY 1OSP (SEE REMARK 999 FOR DETAILS). THE AUTHORS STATE THAT ANY INCORRECT PEPTIDE BOND LENGTHS IN THIS ENTRY ARE THE RESULT OF RIGID-BODY FITTING TO A LOW-RESOLUTION MAP OR ARE INHERITED DIRECTLY FROM PDB ENTRY 1OSP.
クラス平均像の数: 304 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間Target criteria詳細
1RIGID BODY FITREALLeast-squares difference between experimental & model coulombic potentialMETHOD--Rigid Body REFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body DETAILS--Anti-bumping restraints from CNS, Constrained icosahedral symmetry
2RIGID BODY FITREALLeast-squares difference between experimental & model coulombic potentialMETHOD--Rigid Body REFINEMENT PROTOCOL--Rigid Body DETAILS--Anti-bumping restraints from CNS, Constrained icosahedral symmetry
3RIGID BODY FITREALLeast-squares difference between experimental & model coulombic potentialMETHOD--Superimposed according to icosahedral symmetry REFINEMENT PROTOCOL--Fixed DETAILS--Anti-bumping restraints from CNS included 1LP3, Constrained icosahedral symmetry
原子モデル構築PDB-ID: 1LP3

1lp3


PDB chain-ID: A / Accession code: 1LP3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化詳細: A20 FAB' WAS MODELED AS THE COMBINATION OF A HOMOLOGY MODEL AND SEQUENCE SEGMENTS EXCERPTED FROM PDB ENTRY 1OSP (SEE REMARK 999 FOR DETAILS). THE AUTHORS STATE THAT ANY INCORRECT PEPTIDE BOND ...詳細: A20 FAB' WAS MODELED AS THE COMBINATION OF A HOMOLOGY MODEL AND SEQUENCE SEGMENTS EXCERPTED FROM PDB ENTRY 1OSP (SEE REMARK 999 FOR DETAILS). THE AUTHORS STATE THAT ANY INCORRECT PEPTIDE BOND LENGTHS IN THIS ENTRY ARE THE RESULT OF RIGID-BODY FITTING TO A LOW-RESOLUTION MAP OR ARE INHERITED DIRECTLY FROM PDB ENTRY 1OSP.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7485 0 0 0 7485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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