+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j1f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of 9-fold symmetric rATcpn-beta in ATP-binding state | ||||||
![]() | Chaperonin beta subunit | ||||||
![]() | CHAPERONE / Group II chaperonin | ||||||
機能・相同性 | ![]() chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||
![]() | Zhang, K. / Wang, L. / Liu, Y.X. / Wang, X. / Gao, B. / Hu, Z.J. / Ji, G. / Chan, K.Y. / Schulten, K. / Dong, Z.Y. / Sun, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Flexible interwoven termini determine the thermal stability of thermosomes. 著者: Kai Zhang / Li Wang / Yanxin Liu / Kwok-Yan Chan / Xiaoyun Pang / Klaus Schulten / Zhiyang Dong / Fei Sun / ![]() 要旨: Group II chaperonins, which assemble as double-ring complexes, assist in the refolding of nascent peptides or denatured proteins in an ATP-dependent manner. The molecular mechanism of group II ...Group II chaperonins, which assemble as double-ring complexes, assist in the refolding of nascent peptides or denatured proteins in an ATP-dependent manner. The molecular mechanism of group II chaperonin assembly and thermal stability is yet to be elucidated. Here, we selected the group II chaperonins (cpn-α and cpn-β), also called thermosomes, from Acidianus tengchongensis and investigated their assembly and thermal stability. We found that the binding of ATP or its analogs contributed to the successful assembly of thermosomes and enhanced their thermal stabilities. Cpn-β is more thermally stable than cpn-α, while the thermal stability of the hetero thermosome cpn-αβ is intermediate. Cryo-electron microscopy reconstructions of cpn-α and cpn-β revealed the interwoven densities of their non-conserved flexible N/C-termini around the equatorial planes. The deletion or swapping of their termini and pH-dependent thermal stability assays revealed the key role of the termini electrostatic interactions in the assembly and thermal stability of the thermosomes. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5396MC ![]() 5391C ![]() 5392C ![]() 5395C ![]() 3j1bC ![]() 3j1cC ![]() 3j1eC ![]() 3j1d ![]() 3j1g ![]() 3j1h ![]() 3j1i ![]() 3j1j ![]() 3j1k ![]() 3j1l M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59738.344 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: 9-fold symmetric rATcpn-beta in ATP-binding state / タイプ: COMPLEX / 詳細: octadecamer, ATP-binding state |
---|---|
緩衝液 | 名称: Tris-HCl / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: This sample was applied to a 400-mesh GiG grid with holes of 2 um diameter and 2 um spacing. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot Mark IV). |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2010年12月28日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 倍率(補正後): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 詳細: 4k x 4k |
画像スキャン | デジタル画像の数: 3338 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: The whole micrograph | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 粒子像の数: 28374 / 詳細: Spider, EMAN1.9 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--symmetry-restrained MDFF REFINEMENT PROTOCOL--Rigid body and Molecular Dynamics Flexible Fitting | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3KO1 Accession code: 3KO1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|