+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j15 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Model of ribosome-bound archaeal Pelota and ABCE1 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSLATION/TRANSPORT PROTEIN / ribosome recycling / ribosome / archaea / TRANSLATION-TRANSPORT PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / nonfunctional rRNA decay / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, T. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Shoemaker, C.J. / Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Sieber, H. / Ungewickell, C. / Berninghausen, O. / Daberkow, I. ...Becker, T. / Franckenberg, S. / Wickles, S. / Shoemaker, C.J. / Anger, A.M. / Armache, J.-P. / Sieber, H. / Ungewickell, C. / Berninghausen, O. / Daberkow, I. / Karcher, A. / Thomm, M. / Hopfner, K.-P. / Green, R. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Structural basis of highly conserved ribosome recycling in eukaryotes and archaea. 著者: Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo ...著者: Thomas Becker / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Christopher J Shoemaker / Andreas M Anger / Jean-Paul Armache / Heidemarie Sieber / Charlotte Ungewickell / Otto Berninghausen / Ingo Daberkow / Annette Karcher / Michael Thomm / Karl-Peter Hopfner / Rachel Green / Roland Beckmann / 要旨: Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation ...Ribosome-driven protein biosynthesis is comprised of four phases: initiation, elongation, termination and recycling. In bacteria, ribosome recycling requires ribosome recycling factor and elongation factor G, and several structures of bacterial recycling complexes have been determined. In the eukaryotic and archaeal kingdoms, however, recycling involves the ABC-type ATPase ABCE1 and little is known about its structural basis. Here we present cryo-electron microscopy reconstructions of eukaryotic and archaeal ribosome recycling complexes containing ABCE1 and the termination factor paralogue Pelota. These structures reveal the overall binding mode of ABCE1 to be similar to canonical translation factors. Moreover, the iron-sulphur cluster domain of ABCE1 interacts with and stabilizes Pelota in a conformation that reaches towards the peptidyl transferase centre, thus explaining how ABCE1 may stimulate peptide-release activity of canonical termination factors. Using the mechanochemical properties of ABCE1, a conserved mechanism in archaea and eukaryotes is suggested that couples translation termination to recycling, and eventually to re-initiation. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j15.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j15.ent.gz | 140.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j15.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j15_validation.pdf.gz | 1001.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3j15_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j15_validation.xml.gz | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j15_validation.cif.gz | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/3j15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/3j15 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40673.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 遺伝子: pelA, TK0964 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) 参照: UniProt: Q5JIB9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 67286.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | 配列の詳細 | MODELED SEQUENCES WERE DERIVED FROM PYROCOCCUS KODAKARAENSIS (PELOTA) AND PYROCOCCUS ABYSSI (ABCE1). ...MODELED SEQUENCES WERE DERIVED FROM PYROCOCCUS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S ABCE1-Pelota complex / タイプ: RIBOSOME |
---|---|
緩衝液 | pH: 8.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % 詳細: Blot for 10 seconds before plunging into ethane (Vitrobot) 手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layer of filter paper |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Single particle / 解像度: 6.6 Å / 粒子像の数: 51000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2375 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2375 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|