PDB-3ix0: Crystal structure of human seminal plasma protein PSP94

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ix0

タイトル

Crystal structure of human seminal plasma protein PSP94

要素

Beta-microseminoprotein

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / APOPTOSIS / beta sheet / Greek key motif / Disulfide bond / Secreted / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular space / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kumar, M. / Kumar, A. / Jagtap, D.D. / Mahale, S.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of prostate secretory protein PSP94 shows an edge-to-edge association of two monomers to form a homodimer
著者: Kumar, A. / Jagtap, D.D. / Mahale, S.D. / Kumar, M.

履歴

登録	2009年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ix0.cif.gz	157.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ix0.ent.gz	132.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ix0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ix0_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ix0_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	3ix0_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	3ix0_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ix0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ix0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qs2-d 1kwa-3 4krt-2 1m1p-10 2xdp-1 5r68-d 5fke-d 4cz2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-microseminoprotein

B: Beta-microseminoprotein

C: Beta-microseminoprotein

D: Beta-microseminoprotein

43.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-microseminoprotein

B: Beta-microseminoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Beta-microseminoprotein

D: Beta-microseminoprotein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.880, 107.880, 92.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Either (Chain A and B) OR (chain C and D) make biological unit

#1: タンパク質	Beta-microseminoprotein / Prostate secreted seminal plasma protein / Prostate secretory protein PSP94 / PSP-94 / Seminal ...Prostate secreted seminal plasma protein / Prostate secretory protein PSP94 / PSP-94 / Seminal plasma beta-inhibin / Immunoglobulin-binding factor / IGBF / PN44 分子量: 10784.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Human Seminal Plasma / 参照: UniProt: P08118
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Beta-microseminoprotein / Prostate secreted seminal plasma protein / Prostate secretory protein PSP94 / PSP-94 / Seminal ...

分子量: 10784.274 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 組織: Human Seminal Plasma / 参照: UniProt: P08118

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.2M lithium sulfate, 44-47% (v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.44 Å / Num. obs: 24778 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 29.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / R_sym value: 0.041 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 3528 / R_sym value: 0.184 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→39.433 Å / FOM work R set: 0.824 / SU ML: 1.84 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	1463	6.11 %
R_work	0.2106	-	-
obs	0.2138	23955	96.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.627 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.977 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.977 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.923 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2938	0	0	241	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	4047
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.391	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	517

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3822	0.2989	133	0.2241	2122	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3822-2.4776	0.2557	134	0.2071	2129	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4776-2.5903	0.2972	145	0.1997	2168	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5903-2.7269	0.2659	145	0.2123	2201	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7269-2.8977	0.2856	144	0.1971	2220	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8977-3.1213	0.2528	143	0.2064	2235	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1213-3.4353	0.2515	150	0.1801	2289	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4353-3.9319	0.2262	153	0.1758	2304	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9319-4.9523	0.2083	154	0.1695	2367	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9523-39.4387	0.2888	162	0.2568	2457	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7998	-0.5215	-0.3062	0.7472	0.1594	0.0444	-0.1592	-0.0127	0.1122	-0.0065	0.1508	-0.0671	0.1066	0.0359	0.0087	0.0586	0.0426	0.0197	0.004	-0.0057	0.0366	-25.6606	12.1301	7.7599
2	0.2557	0.5713	0.2029	-0.0183	0.3071	0.3817	-0.0696	-0.0082	-0.1136	-0.0019	0.1235	-0.0355	0.0047	0.0261	-0.0721	0.1016	0.0193	-0.0468	0.0199	-0.0192	0.0818	-23.0618	-7.8888	9.3565
3	0.6238	-0.3086	-0.1137	0.5703	0.3397	-0.1038	-0.1715	0.048	0.065	-0.1082	0.2181	0.0533	0.1008	0.0217	-0.0344	0.1833	0.0028	0.0712	0.0308	0.0031	0.0834	-23.9626	9.6223	-38.7581
4	0.5336	0.1362	-0.1743	0.364	0.1878	0.2734	-0.0987	-0.0883	-0.0503	-0.0145	0.1417	0.1278	-0.0424	0.1616	-0.0342	0.0087	0.0007	-0.0205	-0.0078	-0.0163	0.0093	-24.9161	-10.593	-35.1516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	1 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	1 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	1 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	1 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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