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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwt
タイトルStructure of hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B from Sulfolobus tokodaii
要素178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MOLYBDENUM COFACTOR / BIOSYNTHESIS / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaB / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Molybdopterin biosynthesis protein MoaB
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Ellis, M.J. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. / Bessho, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of hypothetical Mo-cofactor biosynthesis protein B (ST2315) from Sulfolobus tokodaii
著者: Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Ellis, M.J. / Bessho, Y. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年9月29日ID: 2PJK
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
B: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
C: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,29315
ポリマ－59,2113
非ポリマー1,08212
水10,467581
1
A: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
B: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
C: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
ヘテロ分子

A: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
B: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
C: 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,58530
ポリマ－118,4226
非ポリマー2,16424
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area18090 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area38770 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.675, 136.675, 210.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-818-

HOH

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要素

#1: タンパク質 178aa long hypothetical molybdenum cofactor biosynthesis protein B


分子量: 19736.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7, DSM 16993, JCM 10545, NBRC 100140 / 遺伝子: ST2315 / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA(DE3) / 参照: UniProt: Q96Y52
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: 10% W/V PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL, 0.2M MGCL2, pH 7.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.074 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 91510 / Num. obs: 91510 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 8758 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1y5e

1y5e


解像度: 1.9→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.201 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18695 4506 5 %RANDOM
Rwork0.16841 ---
all0.16936 85236 --
obs0.16936 89742 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.93 Å2 / Biso mean: 47.856 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 70 581 4533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4772.0185699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99737310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6225550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.4824.968157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91215794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0211517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.23005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1250.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2490.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0871.53474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.51040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23424240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19531982
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8654.51432
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 315 -
Rwork0.288 6118 -
all-6433 -
obs--97.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7464-0.2430.7630.74280.00511.2543-0.1590.41580.0911-0.09590.1028-0.0757-0.08420.25720.0562-0.3323-0.1050.01190.08860.0224-0.279115.99569.269-15.642
20.65440.03140.02980.74250.22161.0692-0.09110.01140.03010.07750.0409-0.0393-0.0765-0.02560.0502-0.3110.0668-0.0301-0.0376-0.0321-0.252915.70467.16916.999
32.12520.54540.30311.4987-0.46760.9906-0.04320.1299-0.5129-0.04720.1106-0.13250.11870.1259-0.0674-0.36060.05050.0564-0.1085-0.0791-0.107815.81939.83-1.198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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