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万見
- PDB-3iw4: Crystal structure of PKC alpha in complex with NVP-AEB071 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iw4
タイトルCrystal structure of PKC alpha in complex with NVP-AEB071
要素Protein kinase C alpha type
キーワードTRANSFERASE / kinase / ATP-binding / Cell membrane / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phorbol-ester binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / protein kinase C signaling / positive regulation of dense core granule biogenesis / desmosome assembly / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / diacylglycerol binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Depolymerization of the Nuclear Lamina ...Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / positive regulation of angiotensin-activated signaling pathway / protein kinase C signaling / positive regulation of dense core granule biogenesis / desmosome assembly / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / diacylglycerol binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Depolymerization of the Nuclear Lamina / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / ROBO receptors bind AKAP5 / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Acetylcholine regulates insulin secretion / mitotic nuclear membrane disassembly / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of platelet aggregation / positive regulation of macrophage differentiation / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Calmodulin induced events / Regulation of KIT signaling / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Syndecan interactions / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RET signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of bone resorption / positive regulation of endothelial cell proliferation / regulation of mRNA stability / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / EGFR Transactivation by Gastrin / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of cell adhesion / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / SHC1 events in ERBB2 signaling / VEGFR2 mediated cell proliferation / apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / Signaling by SCF-KIT / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of angiogenesis / G alpha (z) signalling events / integrin binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Ca2+ pathway / angiogenesis / histone H3T6 kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / cell adhesion / intracellular signal transduction / ciliary basal body / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Classical Protein Kinase C alpha, catalytic domain / Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LW4 / Protein kinase C alpha type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stark, W. / Rummel, G. / Strauss, A. / Cowan-Jacob, S.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Discovery of 3-(1H-indol-3-yl)-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]pyrrole-2,5-dione (AEB071), a potent and selective inhibitor of protein kinase C isotypes
著者: Wagner, J. / von Matt, P. / Sedrani, R. / Albert, R. / Cooke, N. / Ehrhardt, C. / Geiser, M. / Rummel, G. / Stark, W. / Strauss, A. / Cowan-Jacob, S.W. / Beerli, C. / Weckbecker, G. / Evenou, ...著者: Wagner, J. / von Matt, P. / Sedrani, R. / Albert, R. / Cooke, N. / Ehrhardt, C. / Geiser, M. / Rummel, G. / Stark, W. / Strauss, A. / Cowan-Jacob, S.W. / Beerli, C. / Weckbecker, G. / Evenou, J.P. / Zenke, G. / Cottens, S.
履歴
登録2009年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C alpha type
B: Protein kinase C alpha type
C: Protein kinase C alpha type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0306
ポリマ－124,7143
非ポリマー1,3153
水82946
1
A: Protein kinase C alpha type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0102
ポリマ－41,5711
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein kinase C alpha type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0102
ポリマ－41,5711
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein kinase C alpha type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0102
ポリマ－41,5711
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.868, 100.669, 251.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C alpha type / PKC-alpha / PKC-A


分子量: 41571.387 Da / 分子数: 3 / 断片: kinase domain, UNP residues 320-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCA, PKCA, PRKACA / プラスミド: pXI525e
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17252, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-LW4 / 3-(1H-indol-3-yl)-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]-1H-pyrrole-2,5-dione / ソトラスタウリン


分子量: 438.481 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: protein solution: 12mg/mL in 0.2M NaCl, 0.05M imidazole, pH8.0, 2mM TCEP, 1mM NAF, 2% glycerol, reservoir solution: 1mL 22% polyethyleneglycol 3350, 0.2M di-ammonium-hydrogen citrate, pH5.1, ...詳細: protein solution: 12mg/mL in 0.2M NaCl, 0.05M imidazole, pH8.0, 2mM TCEP, 1mM NAF, 2% glycerol, reservoir solution: 1mL 22% polyethyleneglycol 3350, 0.2M di-ammonium-hydrogen citrate, pH5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. all: 28331 / Num. obs: 28331 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 45.933 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured obs: 13561 / Num. unique obs: 3185 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→64.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.808 / SU B: 37.86 / SU ML: 0.335 / SU R Cruickshank DPI: 0.32 / SU Rfree: 0.439 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27703 1417 5 %RANDOM
Rwork0.19209 ---
obs0.19625 26913 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.52 Å2 / Biso mean: 39.781 Å2 / Biso min: 8.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→64.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8051 0 99 46 8196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.98811315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5175986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03924.364401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.11415.0311460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0621542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.13624946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23338005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5314.53420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.38363310
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 101 -
Rwork0.251 1927 -
all-2028 -
obs--98.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1844-0.16690.33230.48060.02970.5645-0.0035-0.15440.35270.0425-0.07810.0170.0502-0.03860.08160.02040.00090.00630.0501-0.05470.12690.37626.1157.184
20.51890.09720.02682.1733-0.68170.65340.07320.08530.0845-0.4984-0.12250.00930.1775-0.00250.04930.14940.05620.03970.06560.03650.0578-20.82719.75124.77
30.74280.0250.11950.40130.27021.0277-0.0014-0.1128-0.09530.0431-0.0286-0.02330.06480.01930.02990.03620.00440.01380.07820.06220.0531-21.61868.57315.207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A331 - 669
2X-RAY DIFFRACTION2B332 - 666
3X-RAY DIFFRACTION3C330 - 670

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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