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万見
- PDB-3ivf: Crystal structure of the talin head FERM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ivf
タイトルCrystal structure of the talin head FERM domain
要素Talin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / FERM domain / Cell membrane / Cell projection / Cytoskeleton / Membrane / Phosphoprotein / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / cell-cell adhesion / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / focal adhesion / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain ...Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin IBS2B domain / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / Acyl-CoA Binding Protein / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Elliott, P.R. / Goult, B.T. / Bate, N. / Grossmann, J.G. / Roberts, G.C.K. / Critchley, D.R. / Barsukov, I.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: The Structure of the talin head reveals a novel extended conformation of the FERM domain
著者: Elliott, P.R. / Goult, B.T. / Kopp, P.M. / Bate, N. / Grossmann, J.G. / Roberts, G.C.K. / Critchley, D.R. / Barsukov, I.L.
履歴
登録2009年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9311
ポリマ－42,9311
非ポリマー00
水10,016556
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.260, 72.160, 162.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Talin-1


分子量: 42931.441 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal FERM domain, UNP residues 1-400 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / プラスミド: pET151/D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P26039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERS 140-168 ARE SKIPPED DUE TO DELETION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 21% PEG4000, 0.1M Tris, 0.2M ammonium sulphate, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.725 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月19日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→72.16 Å / Num. all: 101749 / Num. obs: 34587 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.94→2.05 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5159 / % possible all: 71

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.96 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.38 Å
Translation2.5 Å43.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MIX, 2KC1, 2KC2

1mix

2kc1

2kc2


解像度: 1.94→43.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 6.867 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1721 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 34521 96.1 %-
all-46922 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.16 Å2 / Biso mean: 29.904 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2899 0 0 556 3455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.9643926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96536153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.055356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76624.317139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41615532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5891519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2261.51776
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1841.5729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07922860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.12631136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8574.51066
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.944→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 120 -
Rwork0.26 2491 -
all-2611 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3857-0.1110.3424.36-0.09363.02040.03490.0849-0.07990.042-0.04950.19970.0049-0.07770.01450.01590.0153-0.01410.0595-0.01190.0512-31.38823.011104.249
21.49010.7446-0.18782.33940.5845.6907-0.04970.0840.0028-0.20780.0040.0168-0.3119-0.13430.04570.11850.0410.02830.1213-0.03210.1053-29.519.83778.235
32.34360.60770.23964.30341.61795.8203-0.1403-0.1150.0741-0.35350.1206-0.152-0.12890.42540.01980.0326-0.00430.00870.0389-0.00430.0105-15.4183.74457.424
41.58770.7113-0.2645.26261.02532.72330.09570.0957-0.0631-0.0447-0.14140.37670.0641-0.19060.04560.01240.0019-0.01180.0358-0.01460.0409-19.587-10.20529.882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3A211 - 305
4X-RAY DIFFRACTION4A329 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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