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- PDB-3iu3: Crystal structure of the Fab fragment of therapeutic antibody Bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iu3
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of therapeutic antibody Basiliximab in complex with IL-2Ra (CD25) ectodomain
要素
  • Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
  • Interleukin-2 receptor alpha chain
  • Light chain of Fab fragment of Basiliximab
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-2Ra / CD25 / Basiliximab / Simulect / therapeutic antibody / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Receptor / Sushi / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / IgD immunoglobulin complex / activation-induced cell death of T cells / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex ...regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / interleukin-2 binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / IgD immunoglobulin complex / activation-induced cell death of T cells / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / activated T cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of activated T cell proliferation / Classical antibody-mediated complement activation / positive regulation of T cell differentiation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / interleukin-2-mediated signaling pathway / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / negative regulation of T cell proliferation / Notch signaling pathway / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / negative regulation of inflammatory response / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / RAF/MAP kinase cascade / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Rubrerythrin, domain 2 / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily ...Rubrerythrin, domain 2 - #230 / Interleukin-2 receptor alpha / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Rubrerythrin, domain 2 / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Single Sheet / : / Ribbon / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha / Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Du, J. / Yang, H. / Wang, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the blockage of IL-2 signaling by therapeutic antibody basiliximab
著者: Du, J. / Yang, H. / Zhang, D. / Wang, J. / Guo, H. / Peng, B. / Guo, Y. / Ding, J.
履歴
登録2009年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Source and taxonomy
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
B: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
C: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
D: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
H: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
L: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
I: Interleukin-2 receptor alpha chain
J: Interleukin-2 receptor alpha chain
K: Interleukin-2 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,00612
ポリマ－214,2479
非ポリマー1,7603
水00
1
A: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
B: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
K: Interleukin-2 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0024
ポリマ－71,4163
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
2
C: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
D: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
J: Interleukin-2 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0024
ポリマ－71,4163
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
3
H: Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab
L: Light chain of Fab fragment of Basiliximab
I: Interleukin-2 receptor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0024
ポリマ－71,4163
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.051, 137.051, 459.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: 抗体 Heavy chain of Fab fragment of Basiliximab


分子量: 23144.826 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Light chain of Fab fragment of Basiliximab


分子量: 22882.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01834*PLUS
#3: タンパク質 Interleukin-2 receptor alpha chain / IL-2 receptor alpha subunit / IL-2-RA / IL2-RA / p55 / TAC antigen


分子量: 25388.348 Da / 分子数: 3
Fragment: Extracellular domain, ectodomain, UNP residues 22-238
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL-2Ra / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): High five / 参照: UniProt: P01589
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M KCl, 0.05 M HEPES pH 7.5, and 45% pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 57938 / Num. obs: 56779 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 70.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5347 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MIM

1mim


解像度: 2.9→47.381 Å / SU ML: 2.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2651 4.95 %RANDOM
Rwork0.2148 ---
all0.2172 57625 --
obs0.2172 53580 92.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.25 Å2 / ksol: 0.285 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 87.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.003 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.003 Å20 Å2
3----8.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12449 0 117 0 12566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05417481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3484575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042217
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.9530.3561070.2832171227878
2.953-3.010.361400.282297243782
3.01-3.0710.3451090.2762450255986
3.071-3.1380.3191190.2552548266789
3.138-3.2110.3291320.2632567269991
3.211-3.2910.3021390.2472619275892
3.291-3.380.3161440.2382651279594
3.38-3.4790.2621460.2182691283795
3.479-3.5920.2681250.2172777290296
3.592-3.720.2571170.2112745286296
3.72-3.8690.2651450.2092754289997
3.869-4.0450.2541590.2082756291596
4.045-4.2580.2241600.1882754291496
4.258-4.5240.2371600.1682750291096
4.524-4.8730.1981470.1682729287694
4.873-5.3630.2291570.1722796295396
5.363-6.1380.2531380.2012875301397
6.138-7.7280.2731380.2142963310198
7.728-47.3870.2241690.2183036320595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.11470.6152-0.2292-0.37330.47570.54170.1099-0.07990.09060.1186-0.1374-0.0854-0.1056-0.0040.03090.4956-0.0427-0.03250.2114-0.04850.365757.053-5.2288-10.7684
21.67211.2903-0.1483-0.30380.09450.3267-0.00180.07220.1473-0.0291-0.1434-0.0798-0.1118-0.02640.10210.41310.03680.04080.2842-0.04630.473355.5485-16.3642-24.8784
30.7247-0.7539-0.2715-0.1746-0.40281.08590.19240.12830.1325-0.0082-0.1645-0.0637-0.1873-0.0396-0.01470.52830.0766-0.03630.25670.01710.420674.8702-8.2292-65.6981
41.2747-0.9348-0.1802-0.0201-0.1880.11750.0025-0.06120.04590.1646-0.1107-0.0388-0.09620.0530.08290.46670.0268-0.05670.3751-0.0290.515576.3936-19.4492-51.699
5-0.12490.09180.63261.02810.10660.8651-0.2039-0.1257-0.0389-0.36830.31620.08760.0182-0.145-0.09970.346-0.13670.07520.5058-0.06860.369733.0265-52.6906-65.8418
6-0.35420.23830.45821.57280.25540.1119-0.1534-0.25490.02070.16220.15480.0769-0.0074-0.0569-0.01140.43640.05060.06850.6101-0.12370.465741.956-45.8305-51.7943
71.1364-0.46210.37360.2247-0.61920.13770.3519-0.02-0.3784-0.2723-0.11560.34470.7109-0.0069-0.24140.9006-0.16570.01180.60580.09140.903237.9445-92.5605-54.8966
8-0.06110.0497-0.41430.39590.20891.2760.14910.07510.01860.2090.08540.0564-0.2035-0.2389-0.20110.59580.34780.0840.56290.00080.582937.30937.0937-55.6371
91.1909-0.04730.46040.05090.28750.05480.0967-0.2770.5107-0.09620.09680.0352-0.179-0.0411-0.17350.6718-0.24510.05930.55960.03590.892494.55069.7223-21.4573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD1 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5chain HH1 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain LL1 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7chain II1 - 302
8X-RAY DIFFRACTION8chain JJ1 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9chain KK1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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