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Yorodumi- PDB-3iru: Crystal structure of phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3iru | ||||||
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Title | Crystal structure of phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein from Oleispira antarctica | ||||||
Components | phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein | ||||||
Keywords | structural genomics / unknown function / Oleispira antarctica / Phosphonoacetaldehyde hydrolase like protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oleispira antarctica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2013 Title: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica. Authors: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / ...Authors: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, H. / Fernandez, M. / Juarez, S. / Ciordia, S. / Singer, A. / Kagan, O. / Egorova, O. / Petit, P.A. / Stogios, P. / Kim, Y. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Denaro, R. / Genovese, M. / Albar, J.P. / Reva, O.N. / Martinez-Gomariz, M. / Tran, H. / Ferrer, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Yakimov, M.M. / Golyshina, O.V. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3iru.cif.gz | 118.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3iru.ent.gz | 99.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3iru.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3i4qC 3lmbC 3lnpC 3m16C 3qvmC 3v77C 3vcrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | hexamer with operators (x,y,z), (-y+1,x-y+1,z), and (-x+y,-x+1,z) |
-Components
#1: Protein | Mass: 30710.551 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oleispira antarctica (bacteria) / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3)gold / References: UniProt: D0VWZ7*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 5.0 M Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97942 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 36959 / Num. obs: 36957 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 31.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 5.27 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 15.069 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.205 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.639 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.298→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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