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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3iru | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein from Oleispira antarctica | ||||||
要素 | phoshonoacetaldehyde hydrolase like protein | ||||||
キーワード | structural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / Oleispira antarctica / Phosphonoacetaldehyde hydrolase like protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphonoacetaldehyde hydrolase / phosphonoacetaldehyde hydrolase activity / organic phosphonate catabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oleispira antarctica (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013 タイトル: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica. 著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, ...著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, H. / Fernandez, M. / Juarez, S. / Ciordia, S. / Singer, A. / Kagan, O. / Egorova, O. / Petit, P.A. / Stogios, P. / Kim, Y. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Denaro, R. / Genovese, M. / Albar, J.P. / Reva, O.N. / Martinez-Gomariz, M. / Tran, H. / Ferrer, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Yakimov, M.M. / Golyshina, O.V. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3iru.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3iru.ent.gz | 99.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3iru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3iru | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | hexamer with operators (x,y,z), (-y+1,x-y+1,z), and (-x+y,-x+1,z) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30710.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア) プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: D0VWZ7*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5.0 M Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 36959 / Num. obs: 36957 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 31.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 5.27 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 15.069 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.639 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.298→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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