PDB-3ir3: Crystal structure of human 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ir3

タイトル

Crystal structure of human 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2 (HTD2)

要素

3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2

キーワード

LYASE / HTD2 / 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / mitochondrial matrix / nucleolus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Cocking, R. / Burgess-Brown, N. / Pilka, E. / Muniz, J. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Bountra, C. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2 (HTD2)
著者: Ugochukwu, E. / Cocking, R. / Burgess-Brown, N. / Pilka, E. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.

履歴

登録	2009年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ir3.cif.gz	67.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ir3.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ir3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3ir3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3ir3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iq6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lt3-5 5lt3-4 5lt2-1 5lt4-1 3fkh-2 4ak2-d 5lt2-6 5t0m-2 5hle-d 3tgv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2

B: 3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.880, 99.880, 77.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	3 - 28
2	1	1	5	B	3 - 28
1	2	1	5	A	51 - 136
2	2	1	5	B	51 - 136

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-thioester dehydratase 2 / HTD2 分子量: 16192.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTD2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P86397*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5% jeff2001; 1.1M Na(malonate); 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→43.25 Å / Num. obs: 29964 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.501 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0089	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IQ6

1iq6

解像度: 1.99→43.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.384 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20287	1520	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16992	-	-	-
obs	0.17161	28437	99.3 %	-
all	-	28437	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.05 Å²	-0.53 Å²	0 Å²
2-	-	-1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→43.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1840	0	7	237	2084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.979	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.072	3	3189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.296	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.758	23.929	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.552	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.705	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.27	5	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.575	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.147	7	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.464	9	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.392	11	557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
644	medium positional	0.14	0.5
709	loose positional	0.46	5
644	medium thermal	0.78	2
709	loose thermal	0.7	10

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.046 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	92	-
R_work	0.271	2113	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9562	0.3191	0.9958	1.0565	0.4982	2.7409	0.0683	-0.0577	0.0684	0.0826	-0.0455	0.1626	0.0479	-0.1754	-0.0227	0.0745	0.0253	0.0307	0.0257	0.0146	0.0769	-45.3046	19.1068	-3.5518
2	2.0229	1.2605	-1.8583	4.1723	-0.9269	3.1822	0.1001	-0.0211	0.0338	0.004	-0.1129	-0.1988	-0.1106	0.2283	0.0127	0.0165	-0.0053	-0.0061	0.0364	0.0187	0.0286	-34.0455	21.976	-4.5433
3	5.9759	3.5619	-1.0457	3.6639	-0.8503	2.2206	0.1707	-0.5917	-0.2524	0.2352	-0.3105	-0.144	-0.0071	0.3182	0.1398	0.0649	0.0017	-0.0077	0.0867	0.0331	0.0232	-34.6045	19.8851	3.4996
4	3.9909	3.2167	-2.2077	4.9722	-2.9211	3.0036	0.0935	-0.1838	0.042	0.1995	-0.0885	-0.0721	-0.0935	0.2453	-0.005	0.04	-0.0014	-0.015	0.0342	-0.0085	0.0097	-28.044	24.2427	-3.0278
5	2.3662	-4.428	-0.333	8.3423	0.7593	2.0113	0.2457	0.0205	-0.0987	-0.4994	-0.0094	0.1799	0.296	-0.18	-0.2363	0.134	-0.0801	-0.0555	0.0734	0.0024	0.1937	-45.2555	9.2733	-21.9387
6	3.0275	1.3131	2.5403	3.1559	0.2487	10.0651	-0.0653	0.0547	0.403	0.1229	0.0696	0.1736	-0.6234	-0.0786	-0.0043	0.1097	0.0567	0.0382	0.05	0.0062	0.1278	-46.9628	29.0307	-9.5041
7	1.1701	0.2464	0.0989	3.1994	-1.6165	2.841	-0.0317	0.0709	0.0481	-0.0926	0.1226	0.2398	0.0115	-0.049	-0.091	0.009	0.0061	-0.0082	0.0308	0.0105	0.0363	-40.7045	16.9687	-16.7673
8	0.9222	0.5368	-0.4275	7.95	-4.1021	2.5887	-0.0009	0.1302	-0.1077	-0.4482	-0.1145	-0.1943	0.2851	0.1438	0.1154	0.0694	0.0194	-0.0053	0.0502	-0.0102	0.0196	-36.8502	3.8332	-16.9616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	119 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	34 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	51 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	66 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	127 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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