[日本語] English
万見
- PDB-3ipv: Crystal structure of Spatholobus parviflorus seed lectin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipv
タイトルCrystal structure of Spatholobus parviflorus seed lectin
要素
  • Lectin alpha chain
  • Lectin beta chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galactose binding / Seed lectin / Hemagglutinin / Legume lectin / Anti fungal
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / manganese ion binding / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / calcium ion binding / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Seed lectin alpha chain / Seed lectin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Spatholobus parviflorus (マメ科)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Geethanandan, K. / Bharath, S.R. / Abhilash, J. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2011
タイトル: X-ray structure of a galactose-specific lectin from Spatholobous parviflorous
著者: Geethanandan, K. / Abhilash, J. / Bharath, S.R. / Sadasivan, C. / Haridas, M.
履歴
登録2009年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年2月15日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lectin alpha chain
B: Lectin beta chain
C: Lectin alpha chain
D: Lectin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,58012
ポリマ－103,2004
非ポリマー3808
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7620 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area32960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.998, 60.792, 78.179
Angle α, β, γ (deg.)101.32, 91.38, 104.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Lectin alpha chain


分子量: 26336.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spatholobus parviflorus (マメ科) / 参照: UniProt: P86352*PLUS
#2: タンパク質 Lectin beta chain


分子量: 25263.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spatholobus parviflorus (マメ科) / 参照: UniProt: P86353*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DEPOSITOR GUIDED BY THE SEQUENCE OF THE MODEL (OF MOLECULAR REPLACEMENT)POLYPEPTIDE. THE ...THE DEPOSITOR GUIDED BY THE SEQUENCE OF THE MODEL (OF MOLECULAR REPLACEMENT)POLYPEPTIDE. THE AMBIGUITY AT CERTAIN PLACES IN INTERPRETING ELECTRON DENSITY (E.G. ASP/ASN, ETC.) FOR SEQUENCE CAN NOT BE RULED OUT. A BREAK IS FOUND IN THE ELECTRON DENSITY MAP CALCULATED USING THE X-RAY DIFFRACTION DATA. IN THE CASE OF SPATHOLOBUS PARVIFLORUS ALPHA CHAIN, THE BREAK FOUND MAY ACCOMMODATE A MINIMUM OF TWO RESIDUES. HENCE, THE ABOVE SEQUENCE IS PROVIDED AS UNK (240, 241).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 25% PEG 8000, 0.2M Phosphate Buffer Saline, 5% MPD, 5% Iso propanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月12日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→31 Å / Num. obs: 62376 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 59144 / % possible all: 73.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREPAUTO MR位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LU1

1lu1


解像度: 2.04→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 9.923 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26442 3179 5.1 %RANDOM
Rwork0.19857 ---
all0.1986 67450 --
obs0.20197 59144 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.812 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7286 0 8 693 7987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0227469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.94910218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1085970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33324.599274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.344151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0011.54848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60727825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90132621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.814.52393
LS精密化 シェル解像度: 2.042→2.095 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 205 -
Rwork0.246 3789 -
obs--80.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0243-0.37040.15920.7513-0.07411.6323-0.02640.07530.077-0.09160.0104-0.0942-0.08830.11920.0160.0236-0.01160.01240.01930.00980.0325-0.40220.2372-0.1846
20.8309-0.2741-0.23480.80780.07131.2444-0.04550.0688-0.0877-0.09990.0150.10550.0915-0.13170.03050.0354-0.0089-0.01580.027-0.01840.0604-17.517-27.1538-0.6128
30.9214-0.2892-0.06910.8540.07971.1320.0093-0.0872-0.1170.07-0.04170.05870.1457-0.03040.03240.0265-0.0080.01260.04330.01950.0626-19.9108-24.386536.0754
40.8907-0.24740.07020.8393-0.06351.26060.0103-0.07720.08870.0778-0.0323-0.0405-0.13750.06380.0220.0247-0.0102-0.0110.0522-0.00670.05742.7567-1.217736.6127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 251
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 239

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る