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万見
- PDB-3ipr: Crystal structure of the Enterococcus faecalis gluconate specific... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ipr
タイトルCrystal structure of the Enterococcus faecalis gluconate specific EIIA phosphotransferase system component
要素PTS system, IIA component
キーワードTRANSFERASE / 4 stranded parallel BETA-SHEET flanked by 3 ALPHA-HELICES on each side
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PTS system mannose/sorbose specific IIA subunit / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component / Phosphotransferase system, mannose-type IIA component superfamily / PTS system fructose IIA component / PTS_EIIA type-4 domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system, IIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reinelt, S. / Welti, S. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Enterococcus faecalis EIIA(gnt) PTS component.
著者: Reinelt, S. / Koch, B. / Hothorn, M. / Hengstenberg, W. / Welti, S. / Scheffzek, K.
履歴
登録2009年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS system, IIA component
B: PTS system, IIA component
C: PTS system, IIA component
D: PTS system, IIA component
E: PTS system, IIA component
F: PTS system, IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,19316
ポリマ－94,7926
非ポリマー40110
水2,108117
1
A: PTS system, IIA component
B: PTS system, IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7175
ポリマ－31,5972
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-31.6 kcal/mol
Surface area11210 Å2
手法PISA
2
C: PTS system, IIA component
D: PTS system, IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7586
ポリマ－31,5972
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
3
E: PTS system, IIA component
F: PTS system, IIA component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7175
ポリマ－31,5972
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.680, 69.400, 80.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
PTS system, IIA component


分子量: 15798.622 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: gluconate specific EIIA phosphotransferase system component from Enterococcus faecalis
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: 26487 Wildtype / 遺伝子: EF_3136, gntF / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82ZC8
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 4000, 0.2M Ca acetate, 0.1M Ca cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 30490 / Num. obs: 30490 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.42 / % possible all: 94.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PDO

1pdo


解像度: 2.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1519 4.7 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.213 30404 --
obs0.213 30404 94.2 %-
溶媒の処理Bsol: 45.951 Å2
原子変位パラメータBiso max: 104.14 Å2 / Biso mean: 33.949 Å2 / Biso min: 3.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.827 Å20 Å2-3.508 Å2
2--6.419 Å20 Å2
3----14.246 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6079 0 10 117 6206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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