[日本語] English
- PDB-3inu: Crystal structure of an unbound KZ52 neutralizing anti-Ebolavirus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3inu
タイトルCrystal structure of an unbound KZ52 neutralizing anti-Ebolavirus antibody.
要素
  • KZ52 antibody fragment heavy chain
  • KZ52 antibody fragment light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody fragment (Fab) / immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, J.E. / Fusco, M.L. / Abelson, D.M. / Hessell, A.J. / Burton, D.R. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2009
タイトル: Techniques and tactics used in determining the structure of the trimeric ebolavirus glycoprotein.
著者: Lee, J.E. / Fusco, M.L. / Abelson, D.M. / Hessell, A.J. / Burton, D.R. / Saphire, E.O.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: KZ52 antibody fragment heavy chain
L: KZ52 antibody fragment light chain
M: KZ52 antibody fragment heavy chain
N: KZ52 antibody fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,97216
ポリマ-95,8354
非ポリマー1,13712
1,36976
1
H: KZ52 antibody fragment heavy chain
L: KZ52 antibody fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4868
ポリマ-47,9182
非ポリマー5686
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
2
M: KZ52 antibody fragment heavy chain
N: KZ52 antibody fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4868
ポリマ-47,9182
非ポリマー5686
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.520, 129.520, 184.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: 抗体 KZ52 antibody fragment heavy chain


分子量: 24020.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 KZ52 antibody fragment light chain


分子量: 23896.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 12% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.96 Å / Num. obs: 114050 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.99 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 7.5 / Scaling rejects: 48200
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.41 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 42658 / Num. unique all: 6117 / Χ2: 0.99 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.464 / Packing: 0.269
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral98.9 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
CNS精密化
d*TREK9.6Dデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N0X
解像度: 2.5→47.955 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 5622 4.93 %random
Rwork0.203 ---
obs0.205 114050 94.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.866 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 181.98 Å2 / Biso mean: 66.853 Å2 / Biso min: 29.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.274 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.274 Å2-0 Å2
3----4.547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6706 0 64 76 6846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2029397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.222425
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5280.4251610.3953310347186
2.528-2.5580.4451660.3713347351389
2.558-2.5890.3771770.3663433361089
2.589-2.6220.3852130.343371358490
2.622-2.6570.3941840.3413496368091
2.657-2.6930.3682080.3233473368192
2.693-2.7310.3461650.3193409357491
2.731-2.7720.3592160.313499371592
2.772-2.8160.2991710.2843553372492
2.816-2.8620.3331620.2853541370393
2.862-2.9110.311850.2783543372894
2.911-2.9640.2821830.2643553373693
2.964-3.0210.3191550.2633669382495
3.021-3.0830.3212270.2473560378795
3.083-3.150.2781740.2263699387396
3.15-3.2230.2791970.2213638383596
3.223-3.3030.2731590.2233711387097
3.303-3.3930.2492170.2143667388497
3.393-3.4930.2182090.1943663387297
3.493-3.6050.2391850.1943758394398
3.605-3.7340.2422000.1923717391798
3.734-3.8830.2262030.183744394798
3.883-4.060.2461550.1673767392298
4.06-4.2740.1922240.1453691391598
4.274-4.5420.1831800.1323766394698
4.542-4.8920.2011910.133741393299
4.892-5.3840.1541960.1293796399299
5.384-6.1610.2091810.1543769395099
6.161-7.7570.2981620.193840400299
7.757-47.9630.2152160.1933704392098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0968-0.6426-0.6271.0691-1.39122.0243-0.09160.11890.07580.1252-0.1907-0.4374-0.2216-0.32160.30110.40010.0214-0.01460.44480.11160.5896-71.153768.1996-141.7549
21.63810.4533-0.25042.1887-3.09389.3712-0.4638-0.06460.05360.3162-0.5081-0.867-1.0114-0.44540.80860.35780.02880.00180.40020.02690.5033-76.964770.8707-141.7761
30.9498-0.8653-0.06250.4512.47593.81440.18210.2739-0.16630.1656-0.16670.270.0213-0.3395-0.0290.28110.09080.01680.46790.05520.4063-83.949763.5172-146.9785
40.7562-1.32011.55520.44461.88252.7616-0.1777-0.3940.042-0.0432-0.05240.0065-0.3168-0.31450.23020.31410.1204-0.01660.42390.03520.4428-83.268468.524-139.2046
50.918-2.27160.86940.84941.0544-0.29350.39660.51010.0246-0.2509-0.26410.29020.7164-0.0181-0.0830.36390.06740.0180.57330.03480.478-78.365161.982-146.7585
6-0.9768-0.2649-3.10462.13391.64881.03350.19390.2387-0.2957-0.3552-0.2349-0.2365-0.0189-0.3130.08280.40410.0442-0.02690.65010.03940.4127-81.540464.9449-154.2048
7-0.7792-0.01870.47931.3135-0.43261.5079-0.08350.2305-0.18810.10540.1216-0.2312-0.10170.5623-0.10750.3834-0.03560.01960.6174-0.07250.494-55.944155.6813-130.8766
80.9024-0.85180.09351.9693-1.26221.82810.38960.11990.3502-0.0238-0.0554-0.3113-0.49130.3541-0.22660.3471-0.11870.05820.5513-0.0410.4722-50.720156.695-138.0699
90.4109-2.76851.06251.5777-0.51462.39210.21320.41710.3084-0.0182-0.1575-0.4222-0.17560.583-0.02340.4008-0.12540.05430.5708-0.03170.4627-49.690856.3536-139.3927
106.1234-2.7906-1.72270.0241-1.36562.00850.6427-0.29491.2139-0.0049-0.188-0.2809-0.56180.4169-0.36570.5757-0.226-0.0030.6591-0.10410.7608-49.178163.1476-132.4428
110.4542-0.18951.37331.6070.61563.6501-0.6301-0.14840.18560.31740.54890.36840.6115-0.0654-0.0970.31020.1248-0.0520.6761-0.0890.5741-74.409443.9518-156.909
12-0.11070.77641.89382.02330.94371.28590.73150.0998-0.4719-0.5493-0.45390.69770.15730.0952-0.24570.49810.163-0.14240.8647-0.07910.6383-82.287148.8373-164.531
131.8594-0.05531.01272.5140.60982.09720.17650.42450.41370.1327-0.3026-0.1790.36760.09480.14580.33020.1312-0.03590.70460.02460.3669-73.789956.5307-157.7605
140.3901-3.0669-0.31352.42151.68531.95770.6030.74480.2064-0.5193-0.6226-0.1656-0.10770.36020.05190.38280.18830.01890.8679-0.03320.3459-72.291553.0412-164.3935
152.2989-2.03890.85010.2050.77712.9674-0.20510.3593-1.14710.1961-0.17260.46280.0131-0.46580.33810.36620.09270.04060.57960.04180.5821-80.046551.7126-154.7787
160.8404-0.03590.9581.21962.13032.85420.24690.1244-0.0879-0.15470.3931-0.6094-0.28240.8952-0.620.25130.0405-0.00010.7113-0.07920.4314-46.2944.9781-143.6191
170.0837-0.51410.08911.86990.65742.1176-0.25060.05380.26860.1250.13250.39350.33820.30720.03850.18340.03520.04080.5428-0.01950.3056-48.871742.3615-138.2598
185.5406-1.65630.99983.2467-2.17873.4866-0.6047-0.63090.41090.24090.2488-0.40080.4073-0.94120.25690.4778-0.03810.04590.8274-0.03610.5366-49.782936.4119-130.7724
190.32720.0813-0.9240.69280.06262.20610.0697-0.24490.02250.02030.0860.2327-0.3756-0.9219-0.29340.26510.14850.03950.71410.02730.4263-52.203446.2711-142.3095
20-0.23740.92342.13641.91980.28743.08030.3681-0.0013-0.24040.31310.4852-0.67120.43770.4231-0.50160.4640.0848-0.09750.8902-0.07840.5407-41.603837.0762-135.386
212.89181.17770.92770.16320.40552.6268-0.42760.0273-0.3299-0.0380.04910.07120.0030.52090.29970.4223-0.0268-0.03970.4616-0.00930.4952-33.880634.5273-173.0496
222.15061.10922.34530.89050.13871.897-0.23330.6074-0.2963-0.09650.13070.1428-0.01120.1620.04640.3784-0.09460.01970.4275-0.04830.4407-32.418838.2986-184.1863
232.39032.86191.67881.767-0.78224.7331-0.17310.01670.29790.0652-0.0183-0.0729-0.4110.21740.16330.3474-0.0358-0.04110.37970.00730.4071-31.071444.8907-176.9535
240.7481.5512.97554.79381.3031.6321-0.1895-0.44830.5909-0.3680.20280.7869-0.2493-0.58850.06010.3042-0.042-0.07660.3861-0.07890.3466-40.622140.8001-173.8582
252.71421.39570.36861.08830.0592-0.21860.25890.4428-0.2060.5642-0.2993-0.555-0.2750.46760.0370.5468-0.1456-0.06520.71180.06340.5582-32.220444.4449-192.0644
261.9003-0.42651.52620.4306-1.64292.67690.2411-0.605-0.5597-0.16530.2760.00750.13240.0329-0.39280.4046-0.0546-0.14280.37080.1240.5383-46.829128.5759-166.2665
276.22531.91363.0373.9727-0.00510.9948-0.7610.87720.08620.25230.8799-0.3538-0.19240.3379-0.04441.4602-0.0958-0.46111.49130.44471.3626-70.529311.4959-171.1925
282.5231-4.1119-0.0873-0.2007-0.71322.78941.2604-0.5838-0.76540.1054-0.0105-0.37510.78380.6917-0.54020.40550.0523-0.25750.25030.21430.2567-54.848722.816-167.3
298.2635-0.79652.21150.2475-0.74092.64210.6624-0.1894-1.3965-0.57720.22460.47640.456-0.0047-0.8630.5680.0057-0.27360.34460.06990.6767-55.716221.3301-171.8281
303.10921.59650.26190.3192.81150.64370.7784-0.0961-1.79170.26130.0357-0.78291.01130.1798-0.75450.9883-0.0225-0.40790.48050.12551.058-50.579113.6168-167.9748
31-0.42421.36341.48780.98141.97122.6727-0.0926-0.3915-0.1355-0.66350.0641-0.0138-0.8492-0.0587-0.02230.5805-0.0949-0.0870.40690.06690.688-50.667652.882-187.2308
321.53020.6028-1.58451.45-3.35832.60520.18570.17230.61560.38950.02710.8568-0.5238-0.4664-0.11570.6132-0.061-0.08220.56070.06030.5853-60.098542.9339-193.9231
334.2514-2.07721.51380.7450.06441.0507-0.02540.48480.3698-0.1767-0.1024-0.1168-0.15350.27070.10830.4056-0.1356-0.0340.50760.05740.4106-43.521845.461-194.208
342.85150.62540.45510.2053-0.43620.2144-0.19591.21150.0411-0.41160.00470.1205-0.04230.05150.11080.558-0.1472-0.10580.78570.06220.531-49.047542.4741-199.7869
354.45521.59051.96322.87551.29582.46960.27430.3089-1.0235-0.1130.1679-0.9910.4550.1899-0.37670.4343-0.0381-0.04890.4252-0.00270.4182-54.534336.822-192.3799
364.05272.44730.93662.5964-0.31152.34470.3097-0.86570.87960.1796-0.45480.6382-0.437-0.03070.09760.3915-0.0553-0.05970.4136-0.0020.5329-46.529447.7901-187.6881
373.9705-0.75540.61540.12470.1327-0.60970.4323-1.3281-0.92590.0377-0.3312-0.0730.1478-0.1695-0.10940.4883-0.3083-0.20830.84240.37470.5942-66.130621.7587-168.3299
383.61820.56622.92492.20130.15811.8420.4229-0.7793-0.14490.1963-0.39-0.1764-0.206-0.1715-0.04840.4337-0.1307-0.04110.5018-0.00590.4021-68.5528.913-172.9278
39-0.2454-2.6524-0.48742.1414-0.9632.36750.2865-1.3251-0.62680.6694-0.05730.2496-1.0803-0.1189-0.18310.6237-0.4469-0.11121.23790.30370.4905-70.578724.5241-160.1013
402.5905-1.73671.0680.4269-1.02275.5732-0.3269-0.4407-1.6207-0.0277-0.49130.0043-0.9015-1.27010.44020.259-0.2391-0.00910.55680.39460.7368-77.716521.7707-169.3687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:13H1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 14:29H14 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 30:62H30 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 63:83H63 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain H and resid 84:98H84 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6chain H and resid 99:107H99 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7chain H and resid 108:129H108 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8chain H and resid 130:165H130 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9chain H and resid 166:212H166 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10chain H and resid 213:228H213 - 228
11X-RAY DIFFRACTION11chain L and resid 1:15L1 - 15
12X-RAY DIFFRACTION12chain L and resid 16:29L16 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13chain L and resid 30:47L30 - 47
14X-RAY DIFFRACTION14chain L and resid 48:89L48 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15chain L and resid 90:105L90 - 105
16X-RAY DIFFRACTION16chain L and resid 106:124L106 - 124
17X-RAY DIFFRACTION17chain L and resid 125:149L125 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18chain L and resid 150:162L150 - 162
19X-RAY DIFFRACTION19chain L and resid 163:184L163 - 184
20X-RAY DIFFRACTION20chain L and resid 185:211L185 - 211
21X-RAY DIFFRACTION21chain M and resid 1:22M1 - 22
22X-RAY DIFFRACTION22chain M and resid 23:41M23 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23chain M and resid 42:83M42 - 83
24X-RAY DIFFRACTION24chain M and resid 84:93M84 - 93
25X-RAY DIFFRACTION25chain M and resid 94:102M94 - 102
26X-RAY DIFFRACTION26chain M and resid 103:126M103 - 126
27X-RAY DIFFRACTION27chain M and resid 127:132M127 - 132
28X-RAY DIFFRACTION28chain M and resid 133:152M133 - 152
29X-RAY DIFFRACTION29chain M and resid 153:196M153 - 196
30X-RAY DIFFRACTION30chain M and resid 197:227M197 - 227
31X-RAY DIFFRACTION31chain N and resid 1:8N1 - 8
32X-RAY DIFFRACTION32chain N and resid 9:25N9 - 25
33X-RAY DIFFRACTION33chain N and resid 26:50N26 - 50
34X-RAY DIFFRACTION34chain N and resid 51:74N51 - 74
35X-RAY DIFFRACTION35chain N and resid 75:89N75 - 89
36X-RAY DIFFRACTION36chain N and resid 90:105N90 - 105
37X-RAY DIFFRACTION37chain N and resid 106:133N106 - 133
38X-RAY DIFFRACTION38chain N and resid 134:172N134 - 172
39X-RAY DIFFRACTION39chain N and resid 173:197N173 - 197
40X-RAY DIFFRACTION40chain N and resid 198:210N198 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る