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- PDB-3int: Structure of UDP-galactopyranose mutase bound to UDP-galactose (r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3int
タイトルStructure of UDP-galactopyranose mutase bound to UDP-galactose (reduced)
要素Probable UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / Flavoenzyme / protein-ligand complex / carbohydrate biosynthesis / FAD / Flavoprotein / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / O antigen biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Gruber, T.D. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: X-ray crystallography reveals a reduced substrate complex of UDP-galactopyranose mutase poised for covalent catalysis by flavin .
著者: Gruber, T.D. / Westler, W.M. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable UDP-galactopyranose mutase
B: Probable UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0216
ポリマ－90,4762
非ポリマー2,5464
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4303
ポリマ－45,2381
非ポリマー1,1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Probable UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5923
ポリマ－45,2381
非ポリマー1,3542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.078, 94.078, 129.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Probable UDP-galactopyranose mutase


分子量: 45237.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal Arg384 was altered to glycine during cloning, and six histidine residues were engineered on the C-terminus as a tag.
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 01 (ATCC 13882) / 遺伝子: glf, rfbD / プラスミド: pGEM-Teasy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48485, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE ARE VERY CONSERVATIVE MUTATIONS FROM THE PUBLISHED SEQUENCE. THEY REFLECT SEQUENCE ...THESE ARE VERY CONSERVATIVE MUTATIONS FROM THE PUBLISHED SEQUENCE. THEY REFLECT SEQUENCE DIFFERENCES IN THE ISOLATE THAT OUR CLONED DNA CAME FROM RATHER THAN ERRORS IN THE STRUCTURE OR THE PDB FILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Drops containing 1.5 microliters 5 mg/mL protein in 20 mM HEPES were combined with 1.5 microliters well solution (85 mM ammonium acetate, 42 mM tri-sodium citrate, 12.3% PEG 4000, 7.5% ...詳細: Drops containing 1.5 microliters 5 mg/mL protein in 20 mM HEPES were combined with 1.5 microliters well solution (85 mM ammonium acetate, 42 mM tri-sodium citrate, 12.3% PEG 4000, 7.5% glycerol, 15 mM L-cysteine, 5 mM UDP-Glc) for 1-2 weeks. Crystals were then soaked in a solution of 53% Qiagen Cryos Suite Condition #87 with 15 mM L-cys, 30% methanol, 90 mM UDP-Galp (24hrs). Crystals were then soaked in a solution of 53% Qiagen Cryos Suite Condition #87 with 15 mM L-cys, 30% methanol, 90 mM UDP-Galp plus 100 mM sodium dithionite (3 min), pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日 / 詳細: Beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 38556 / Num. obs: 38510 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GF4

3gf4


解像度: 2.51→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.461 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.267 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 1925 5 %RANDOM
Rwork0.19377 ---
obs0.19643 36538 99.47 %-
all-36733 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å20 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---2.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.267 Å0.391 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 167 200 6527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.9818832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9985754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39524.03330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.753151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8731534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.53761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8626075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75232740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4694.52757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 122 -
Rwork0.277 2530 -
obs--93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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