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万見
- PDB-3inm: Crystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3inm
タイトルCrystal structure of human cytosolic NADP(+)-dependent isocitrate dehydrogenase R132H mutant in complex with NADPH, ALPHA-KETOGLUTARATE and CALCIUM(2+)
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / NADP / KETOGLUTARATE / QUATERNARY COMPLEX / Glyoxylate bypass / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Peroxisome / Tricarboxylic acid cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / female gonad development / NADPH regeneration / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / peroxisome / tertiary granule lumen / NADP binding / response to oxidative stress / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Chem-NDP / Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fontano, E. / Brown, R.S. / Suto, R.K. / Bhyravbhatla, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Cancer-associated IDH1 mutations produce 2-hydroxyglutarate.
著者: Dang, L. / White, D.W. / Gross, S. / Bennett, B.D. / Bittinger, M.A. / Driggers, E.M. / Fantin, V.R. / Jang, H.G. / Jin, S. / Keenan, M.C. / Marks, K.M. / Prins, R.M. / Ward, P.S. / Yen, K.E. ...著者: Dang, L. / White, D.W. / Gross, S. / Bennett, B.D. / Bittinger, M.A. / Driggers, E.M. / Fantin, V.R. / Jang, H.G. / Jin, S. / Keenan, M.C. / Marks, K.M. / Prins, R.M. / Ward, P.S. / Yen, K.E. / Liau, L.M. / Rabinowitz, J.D. / Cantley, L.C. / Thompson, C.B. / Vander Heiden, M.G. / Su, S.M.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,54718
ポリマ－144,4073
非ポリマー3,14015
水5,423301
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,36512
ポリマ－96,2712
非ポリマー2,09310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,36512
ポリマ－96,2712
非ポリマー2,09310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area12130 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area29390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.120, 274.690, 116.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / Oxalosuccinate decarboxylase / NADP(+)-specific ICDH / IDP


分子量: 48135.684 Da / 分子数: 3 / 変異: R132H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: PET-41A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 316分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% ...詳細: Protein component: 8 mg/ml IDH, 20mM Tris-HCl pH 7.5, 100mM sodium chloride, 10mM NADPH, 10mM calcium chloride, 75mM alpha-ketoglutaric acid sodium salt. Precipitant: 100mM MES pH 6.5, 20% PEG 6000. Ratio of protein component to precipitant in initial hanging drop: 2:1., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日 / 詳細: MIRROR AND MONOCHROMETER
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. all: 89958 / Num. obs: 83121 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5232 / Χ2: 1.006 / % possible all: 58.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.61 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å19.99 Å
Translation2.3 Å19.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T0L

1t0l


解像度: 2.1→24.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 4.814 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / SU Rfree: 0.207 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 4153 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 78956 92.36 %-
all-83109 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.12 Å2 / Biso mean: 33.273 Å2 / Biso min: 15.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9706 0 198 301 10205
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1051.96813661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85851222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82524.848460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.723151787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2261542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.56059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31829748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32134052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7744.53913
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 208 -
Rwork0.316 3417 -
all-3625 -
obs-3625 55.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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