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Yorodumi- PDB-6pay: Structure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals struct... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pay | ||||||
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Title | Structure of HsICDH1:Mg(II):ICT:NADPH(50%) complex reveals structural basis for observation of half-sites reactivity | ||||||
Components | Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / substrate complex / half-sites reactivity / ICDH mechanism | ||||||
Function / homology | Function and homology information Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / regulation of phospholipid catabolic process / NADPH regeneration / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / regulation of phospholipid catabolic process / NADPH regeneration / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / tertiary granule lumen / peroxisome / NADP binding / secretory granule lumen / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.199 Å | ||||||
Authors | Silvaggi, N.R. / Melkonian, T.R. / Roman, J.V. / Moran, G.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2019 Title: Transient-State Analysis of Human Isocitrate Dehydrogenase I: Accounting for the Interconversion of Active and Non-Active Conformational States. Authors: Roman, J.V. / Melkonian, T.R. / Silvaggi, N.R. / Moran, G.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pay.cif.gz | 898.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pay.ent.gz | 762.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pay.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6pay_validation.pdf.gz | 868.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6pay_full_validation.pdf.gz | 888.1 KB | Display | |
Data in XML | 6pay_validation.xml.gz | 60.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6pay_validation.cif.gz | 81.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/6pay | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1t0lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 46720.223 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IDH1, PICD / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+) |
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-Non-polymers , 5 types, 377 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ICT / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-NDP / | #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.3 % / Description: Thick plates |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 20% PEG3350, 10% Tacsimate, pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2018 |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.199→47.105 Å / Num. obs: 100492 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.199→2.24 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6030 / CC1/2: 0.903 / Rpim(I) all: 0.271 / Rrim(I) all: 0.522 / % possible all: 89.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1T0L Resolution: 2.199→47.105 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.199→47.105 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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