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- PDB-3in9: Crystal structure of heparin lyase I complexed with disaccharide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3in9
タイトルCrystal structure of heparin lyase I complexed with disaccharide heparin
要素Heparin lyase I
キーワードLYASE / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
duf1285 like fold - #20 / Polysaccharide lyase / Polysaccharide lyase / duf1285 like fold / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEPARIN DISACCHARIDE I-S, / Heparin lyase I
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Han, Y.H. / Ryu, K.S. / Kim, H.Y. / Jeon, Y.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural snapshots of heparin depolymerization by heparin lyase I
著者: Han, Y.H. / Garron, M.L. / Kim, H.Y. / Kim, W.S. / Zhang, Z. / Ryu, K.S. / Shaya, D. / Xiao, Z. / Cheong, C. / Kim, Y.S. / Linhardt, R.J. / Jeon, Y.H. / Cygler, M.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0294
ポリマ－42,8341
非ポリマー1,1953
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子

A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0598
ポリマ－85,6692
非ポリマー2,3906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.789, 63.531, 65.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heparin lyase I


分子量: 42834.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: WAL2926 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89YQ6*PLUS
#2: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose / HEPARIN DISACCHARIDE I-S /


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 577.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with ring modification on monosaccharide components
参照: HEPARIN DISACCHARIDE I-S,
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細DISACCHARIDE HEPARIN, H1S, COMES FROM PORCINE INTESTINAL MUCOSA
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE TWO ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE TWO RESIDUES AT THE C-TERMINAL OF THE SEQUENCE, LEU 377 AND GLU 378, ARE EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% glycerol, 20% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 28413 / Num. obs: 28121 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.798 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.073.40.10227061.23395.7
2.07-2.153.50.09227881.31899.1
2.15-2.253.60.08427701.47198.6
2.25-2.373.70.07928191.65399.3
2.37-2.523.70.07428361.77699.5
2.52-2.713.80.07128051.49699.6
2.71-2.993.90.0728181.77699.5
2.99-3.4240.06628392.14899.8
3.42-4.3140.06228642.34999.8
4.31-503.90.06128762.45198.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.09 Å31.76 Å
Translation2.09 Å31.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IMN

3imn


解像度: 2→31.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.827 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2789 9.9 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-28059 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 80.12 Å2 / Biso mean: 27.791 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.449 Å20 Å2-6.533 Å2
2--6.523 Å20 Å2
3---0.926 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 71 303 3352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.504
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9712
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9662.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION4heparin.paramheparin.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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