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- PDB-3imn: Crystal structure of heparin lyase I from Bacteroides thetaiotaomicron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3imn
タイトルCrystal structure of heparin lyase I from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Heparin lyase I
キーワードLYASE / jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
duf1285 like fold - #20 / Polysaccharide lyase / Polysaccharide lyase / duf1285 like fold / Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Roll / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Han, Y.H. / Ryu, K.S. / Jeon, Y.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural snapshots of heparin depolymerization by heparin lyase I
著者: Han, Y.H. / Garron, M.L. / Kim, H.Y. / Kim, W.S. / Zhang, Z. / Ryu, K.S. / Shaya, D. / Xiao, Z. / Cheong, C. / Kim, Y.S. / Linhardt, R.J. / Jeon, Y.H. / Cygler, M.
履歴
登録2009年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_detector / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4518
ポリマ－42,8341
非ポリマー6167
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.921, 68.712, 61.306
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Heparin lyase I


分子量: 42834.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: WAL 2926 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89YQ6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE TWO ...THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE TWO RESIDUES AT THE C-TERMINAL OF THE SEQUENCE, LEU 377 AND GLU 378, ARE EXPRESSION TAGS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.51 % / Mosaicity: 0.583 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Na citrate pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 4A11
シンクロトロンPAL/PLS 6B20.97905, 0.97924, 0.97136
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年12月18日
Bruker AXIOM 2002CCD2007年3月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979051
30.979241
40.971361
Reflection冗長度: 6.4 % / Av σ(I) over netI: 37.14 / 数: 87493 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.04 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13715 / % possible obs: 88.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.110.0421.7966.5
4.275.3899.710.0461.2377
3.734.2799.410.0581.1347
3.393.7399.310.080.9527.1
3.153.3998.810.1160.9677
2.963.1595.110.1530.7556.5
2.822.9685.510.1890.7296.1
2.692.8276.810.2420.7355.5
2.592.696810.2550.8075.1
2.52.5960.210.2780.824.6
反射解像度: 1.8→58.93 Å / Num. all: 43830 / Num. obs: 40417 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 2.33 / Net I/av σ(I): 37.143 / Net I/σ(I): 21.3 / Num. measured all: 177991
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.863.20.17824151.10255.3
1.86-1.943.70.16237541.38486.9
1.94-2.0340.13340661.65993.2
2.03-2.134.20.1142271.87496.2
2.13-2.274.40.09642282.02596.8
2.27-2.444.50.08442482.26297.4
2.44-2.694.60.07243022.4598.3
2.69-3.084.80.06143652.76299
3.08-3.884.90.04943693.14699.7
3.88-5050.04344433.07899.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.81→36.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 2.38 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / SU Rfree: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2052 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 38365 --
obs0.181 40417 94.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.48 Å2 / Biso mean: 27.651 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20.51 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→36.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2973 0 31 259 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0871.964157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0915371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43724.414145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.72215527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7711515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4021.51848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29722985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33631224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.214.51172
LS精密化 シェル解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 125 -
Rwork0.221 2099 -
all-2224 -
obs--70.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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