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- PDB-3iko: Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iko
タイトルCrystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex
要素
  • Nucleoporin NUP145C
  • Nucleoporin NUP84
  • Protein transport protein SEC13
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / NPC / TRANSPORT / WD REPEAT / AUTOCATALYTIC CLEAVAGE / MRNA TRANSPORT / NUCLEAR PORE COMPLEX / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / TRANSLOCATION / Coiled coil / Membrane / Hydrolase / RNA-binding / Cytoplasmic vesicle / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / COPII-mediated vesicle transport / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / regulation of nucleocytoplasmic transport ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / COPII-mediated vesicle transport / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of RNA binding proteins / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cell periphery / protein import into nucleus / nuclear envelope / double-strand break repair / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hyaluronidase domain-like - #20 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #690 / N-terminal domain of TfIIb - #170 / Hyaluronidase domain-like / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / N-terminal domain of TfIIb / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain ...Hyaluronidase domain-like - #20 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #690 / N-terminal domain of TfIIb - #170 / Hyaluronidase domain-like / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / N-terminal domain of TfIIb / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Other non-globular / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Special / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP145 / Nucleoporin NUP84 / Protein transport protein SEC13
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nagy, V. / Hsia, K.-C. / Debler, E.W. / Davenport, A. / Blobel, G. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of a trimeric nucleoporin complex reveals alternate oligomerization states.
著者: Nagy, V. / Hsia, K.C. / Debler, E.W. / Kampmann, M. / Davenport, A.M. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC13
B: Nucleoporin NUP145C
C: Nucleoporin NUP84
D: Protein transport protein SEC13
E: Nucleoporin NUP145C
F: Nucleoporin NUP84
G: Protein transport protein SEC13
H: Nucleoporin NUP145C
I: Nucleoporin NUP84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,8859
ポリマ－410,8859
非ポリマー00
水00
1
A: Protein transport protein SEC13
B: Nucleoporin NUP145C
C: Nucleoporin NUP84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9623
ポリマ－136,9623
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area51440 Å2
手法PISA
2
D: Protein transport protein SEC13
E: Nucleoporin NUP145C
F: Nucleoporin NUP84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9623
ポリマ－136,9623
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area50140 Å2
手法PISA
3
G: Protein transport protein SEC13
H: Nucleoporin NUP145C
I: Nucleoporin NUP84


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,9623
ポリマ－136,9623
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area49410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.397, 194.050, 327.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC13


分子量: 33082.965 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-297 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC13, ANU3, YLR208W, L8167.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q04491
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP145C / Nucleoporin NUP145C / C-NUP145


分子量: 51013.898 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 731-1158 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP145, RAT10, YGL092W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS (DE3)-RIL
参照: UniProt: P49687, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 52864.793 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP84, YDL116W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P52891

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.14 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 108829 / Num. obs: 105020 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 9887 -9.2
Rwork0.234 ---
obs-97899 91.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27032 0 0 0 27032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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