PDB-3ih6: Crystal structure of putative zinc protease from Bordetella pertu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ih6

タイトル

Crystal structure of putative zinc protease from Bordetella pertussis Tohama I

要素

Putative zinc protease

キーワード

HYDROLASE / putative zinc protease / Bordetella pertussis Tohama I / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative zinc protease from Bordetella pertussis Tohama I
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ih6.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ih6.ent.gz	185.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ih6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ih6_validation.pdf.gz	498 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ih6_full_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示
XML形式データ	3ih6_validation.xml.gz	56.4 KB	表示
CIF形式データ	3ih6_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ih6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/3ih6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nge-1 5z27-1 2jbu-1 4gsf-2 2g47-2 4lte-2 3h44-4 4nau-1 5o0a-1 2g56-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC62458.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (7) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative zinc protease

B: Putative zinc protease

C: Putative zinc protease

D: Putative zinc protease

E: Putative zinc protease

F: Putative zinc protease

ヘテロ分子

131 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.931, 130.977, 76.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-604- HOH

#1: タンパク質	Putative zinc protease 分子量: 21782.908 Da / 分子数: 6 / 断片: sequence database residues 258-451 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: BP2497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q7VVY4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M potassium Sodium Tartrate, 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 61718 / Num. obs: 59966 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 43.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 9.08 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→31.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 13.15 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2683	3044	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20712	-	-	-
obs	0.21024	56899	97.14 %	-
all	-	59943	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.211 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→31.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8244	0	16	701	8961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.97	11519
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.166	5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.438	23.24	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.723	15	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.358	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	6477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.637	1.5	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.121	2	8646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.106	3	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.251	4.5	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.203 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	207	-
R_work	0.207	3867	-
obs	-	-	90.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7737	-0.2708	-0.661	1.8094	0.0944	1.2706	-0.1094	0.0938	0.0332	-0.0263	0.0811	-0.1359	0.1276	-0.0843	0.0282	0.0445	-0.0089	0.0188	0.0133	-0.0031	0.0316	46.4819	43.3105	32.8861
2	0.6001	-0.2079	0.861	0.6389	-1.2039	4.8816	0.0922	-0.0482	0.0875	0.1554	-0.0152	-0.0592	0.033	0.0789	-0.077	0.1079	-0.006	-0.0351	0.011	-0.0185	0.0722	41.8281	52.5262	50.5699
3	2.0468	0.6001	-0.2297	1.9896	-0.5265	2.1665	0.0329	-0.1651	0.3899	-0.0334	-0.0971	0.1646	-0.1212	0.1055	0.0642	0.0516	-0.0226	-0.0242	0.0884	-0.0178	0.094	47.2187	50.0558	74.0978
4	2.2683	-0.2409	-0.5798	2.538	1.8102	2.6488	-0.1046	-0.2011	-0.1279	0.0749	0.037	-0.0431	0.2152	0.0366	0.0677	0.0642	-0.006	-0.0067	0.0764	0.0325	0.0272	43.3392	29.8315	73
5	2.3612	-0.3477	0.1799	0.967	-0.2332	4.6546	-0.1454	-0.4674	-0.4829	0.071	0.1031	-0.1071	0.1541	0.2752	0.0423	0.0189	0.0431	0.0278	0.116	0.0945	0.2101	48.7253	11.3437	59.5107
6	1.0976	0.8846	0.0311	3.9303	-0.4317	0.6224	-0.0226	0.1497	-0.2468	0.0014	0.0484	0.0374	-0.0483	-0.1921	-0.0258	0.0852	0.026	0.0454	0.1075	-0.0216	0.1333	44.3015	21.6099	42.2238
7	1.6825	0.0377	-0.2128	2.3164	0.4644	1.4971	0.0097	-0.0066	0.1389	0.0752	-0.0225	0.1353	-0.0557	-0.0518	0.0127	0.0082	0.0044	0.0073	0.0061	0.0068	0.0603	15.284	53.9071	44.2995
8	0.8627	0.6026	-0.2012	4.7364	-2.0023	1.4755	-0.0259	0.122	-0.0755	0.0422	-0.0088	-0.0547	0.0224	0.0166	0.0347	0.0513	-0.0015	0.0003	0.0195	-0.0107	0.0072	20.0604	35.1842	37.4824
9	1.8272	0.0557	0.3387	1.8331	-0.2284	1.0103	-0.0099	0.1246	-0.0738	-0.1758	0.0007	0.0091	-0.0208	0.0113	0.0093	0.0336	-0.0044	-0.0068	0.0115	-0.0096	0.0301	17.7304	12.3401	44.1346
10	1.4191	-0.3925	-0.7305	3.2645	1.3379	1.657	0.0786	-0.1189	-0.0906	0.1283	0.0248	-0.0706	0.0591	0.0641	-0.1033	0.0529	-0.03	-0.0081	0.04	0.0037	0.0254	21.8457	17.1232	63.8065
11	1.5548	0.5143	-0.5279	2.1213	-0.2377	0.7829	-0.0779	-0.2424	-0.1016	0.0848	0.0905	-0.0249	0.068	0.0528	-0.0125	0.0635	-0.0056	0.018	0.1209	-0.0059	0.0202	17.1661	34.1092	79.8715
12	1.3602	-0.5206	1.2399	0.6018	-0.005	5.1123	0.0033	-0.0953	0.2398	0.0548	-0.0073	-0.0402	0.0701	-0.0316	0.0041	0.0876	-0.0121	-0.0029	0.015	-0.03	0.0722	20.0921	49.3342	67.0451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	255 - 369
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	429 - 447
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	370 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	255 - 369
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	429 - 447
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	370 - 428
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	255 - 369
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	429 - 447
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	370 - 428
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	255 - 369
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	429 - 447
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	370 - 428
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	255 - 369
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	429 - 447
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	370 - 428
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	255 - 369
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	429 - 447
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	370 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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