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万見
- PDB-3ig3: Crystal structure of mouse Plexin A3 intracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ig3
タイトルCrystal structure of mouse Plexin A3 intracellular domain
要素Plxna3 protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / plexin intracellular GAP RBD inactive / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory nerve formation / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / positive regulation of cytoskeleton organization / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance ...olfactory nerve formation / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / neuron projection guidance / positive regulation of cytoskeleton organization / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / pyramidal neuron development / axon extension involved in axon guidance / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / neuron projection extension / negative chemotaxis / positive regulation of axonogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / axon guidance / hippocampus development / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plexin-A3 / Plexin-A3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者He, H. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the plexin A3 intracellular region reveals an autoinhibited conformation through active site sequestration.
著者: He, H. / Yang, T. / Terman, J.R. / Zhang, X.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plxna3 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0942
ポリマ－72,0021
非ポリマー921
水6,539363
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.789, 47.203, 101.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.690, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Plxna3 protein


分子量: 72002.117 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1170-1795 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxna3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ArcticExpress / 参照: UniProt: A5D6Q5, UniProt: P70208*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 100 mM Bis-Tris Propane, 200 mM NaNO3 and 20% PEG3350, pH 7.75, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.97926
シンクロトロンAPS 19-BM20.97926
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2008年1月1日
CUSTOM-MADE2CCD2008年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SADMx-ray1
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.3 % / Av σ(I) over netI: 26.27 / 数: 150460 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 1.15 / D res high: 2.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16221 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.925098.210.0671.8359.5
4.75.9299.810.0881.3548.5
4.114.710010.0821.2899.2
3.734.1110010.0991.239.4
3.463.7399.910.1141.2259.5
3.263.4699.910.1451.119.5
3.13.2610010.2050.9589.5
2.963.110010.2750.8749.5
2.852.9610010.3820.8069.3
2.752.8599.910.4580.7918.8
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 41961 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.99-2.073.70.35540610.9951,297.4
2.07-2.154.60.27641901.0391,2100
2.15-2.254.80.19741450.9441,2100
2.25-2.374.80.14741980.9881,2100
2.37-2.524.90.11341911.0171,2100
2.52-2.714.90.0941741.0021,2100
2.71-2.994.90.06242221.0271,2100
2.99-3.424.80.04842291.0061,2100
3.42-4.314.80.03942490.9091,2100
4.31-504.50.03243021.021,299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→34.082 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.832 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2007 4.99 %random
Rwork0.188 ---
obs0.19 40238 95.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.273 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 129.53 Å2 / Biso mean: 44.828 Å2 / Biso min: 18.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.691 Å20 Å2-2.525 Å2
2--8.719 Å2-0 Å2
3---0.956 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→34.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 6 363 4848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7196183
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9061675
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.0410.2541060.232223232978
2.041-2.0970.2411370.2252516265389
2.097-2.1580.271450.212637278293
2.158-2.2280.2331430.2062644278793
2.228-2.3070.2271350.1962677281294
2.307-2.40.2671340.2022776291097
2.4-2.5090.2391540.2012767292197
2.509-2.6410.2471540.22772292697
2.641-2.8070.2651380.22791292997
2.807-3.0230.2571290.1992835296498
3.023-3.3270.2251560.1942866302299
3.327-3.8080.2221330.17128993032100
3.808-4.7960.1661790.15228753054100
4.796-34.0870.1951640.182953311799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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