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- PDB-3if4: Structure from the mobile metagenome of North West Arm Sewage Out... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3if4
タイトルStructure from the mobile metagenome of North West Arm Sewage Outfall: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
要素Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
キーワードstructural genomics / unknown function / Integron Cassette Protein Mobile Metagenome Structural Genomics PSI-2 Protein Structure Initiative Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Integron cassette protein helical domain / Integron cassette protein / Anthopleurin-A / Single Sheet / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.181 Å
データ登録者Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Harrop, S.J. / Evdokimova, E. / Kudrytska, M. / Koenig, J.E. / Osipiuk, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. ...Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Harrop, S.J. / Evdokimova, E. / Kudrytska, M. / Koenig, J.E. / Osipiuk, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Doolittle, W.F. / Stokes, H.W. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Integron gene cassettes: a repository of novel protein folds with distinct interaction sites.
著者: Sureshan, V. / Deshpande, C.N. / Boucher, Y. / Koenig, J.E. / Stokes, H.W. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月6日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
B: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
C: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
D: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5994
ポリマ－54,5994
非ポリマー00
水2,360131
1
A: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
C: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2992
ポリマ－27,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
2
B: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5
D: Integron Cassette Protein Hfx_Cass5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2992
ポリマ－27,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.324, 44.481, 82.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The four chains in the asymmetric unit arrange as two dimers. Dimer 1: Chain A and Chain C Dimer 2: Chain B and Chain D

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要素

#1: タンパク質
Integron Cassette Protein Hfx_Cass5


分子量: 13649.657 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncultured bacterium / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: p15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 29% PEG3350, 0.1 M Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 21618 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Rsym value: 0.531 / % possible all: 68.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.181→40.226 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 1951 9.23 %
Rwork0.1777 --
obs0.1828 21127 95.41 %
all-21127 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.641 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.181→40.226 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 0 131 3306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8764531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.141191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1813-2.23580.34271010.2215939X-RAY DIFFRACTION66
2.2358-2.29630.26921340.20771262X-RAY DIFFRACTION90
2.2963-2.36380.26081360.20521364X-RAY DIFFRACTION95
2.3638-2.44010.30281340.19991361X-RAY DIFFRACTION96
2.4401-2.52730.28851320.20691389X-RAY DIFFRACTION97
2.5273-2.62850.28841420.20241397X-RAY DIFFRACTION98
2.6285-2.74810.27751370.18061395X-RAY DIFFRACTION98
2.7481-2.8930.25911420.17911395X-RAY DIFFRACTION98
2.893-3.07410.22331500.16921412X-RAY DIFFRACTION99
3.0741-3.31140.22751480.17111421X-RAY DIFFRACTION100
3.3114-3.64440.20821450.17151438X-RAY DIFFRACTION100
3.6444-4.17130.22341500.15131443X-RAY DIFFRACTION100
4.1713-5.25360.17491500.14461451X-RAY DIFFRACTION100
5.2536-40.23320.20011500.17621509X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.2322-1.0141-0.86482.2867-0.09781.1523-0.0122-0.2677-0.08770.1618-0.0108-0.06510.00940.23680.01160.2230.06750.01350.3845-0.00110.283125.67510.4970.9726
21.3320.5874-0.90352.63620.18242.55430.1116-0.26770.2686-0.0938-0.07120.0198-0.1792-0.00280.02090.21580.00920.00040.3183-0.01730.2836
30.8929-0.6855-0.47381.66160.92982.4912-0.00320.11450.010.0054-0.03560.13640.02660.03450.01170.1981-0.01260.02530.3501-0.03210.2427
41.8738-0.67350.69741.5435-0.58031.63350.15280.16080.00460.0426-0.0186-0.0257-0.0331-0.0698-0.10420.24210.01650.01650.4009-0.02910.344
53.4449-0.40431.51221.6454-1.07191.804-0.45550.00770.53520.07090.024-0.4063-0.1730.16520.27950.28040.0208-0.00760.3215-0.01670.3196
61.82070.1072-0.58942.20090.48970.43510.0699-0.1098-0.27020.1404-0.0683-0.13520.42840.05570.01290.26140.0080.01670.3636-0.00830.2798
71.65090.50260.11552.82310.35941.1324-0.1830.3074-0.1147-0.2390.1671-0.29770.07380.1554-0.04450.2654-0.02820.02350.3855-0.00750.2712
82.37950.2953-0.27250.3702-0.9820.6361-0.1255-0.52860.03620.14660.1090.0412-0.0776-0.1470.00870.25340.00610.05170.4335-0.04520.3281
精密化 TLSグループSelection details: chain D and (resseq 53:98))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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