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- PDB-3ier: Firefly luciferase apo structure (P41 form) with PEG 400 bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ier
タイトルFirefly luciferase apo structure (P41 form) with PEG 400 bound
要素Luciferin 4-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENCE / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Luciferin 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Photinus pyralis (ホタル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Auld, D.S. / Thorne, N. / Lea, W.A. / Maloney, D.J. / Shen, M. / Raj, G. / Thomas, C.J. / Simeonov, A. ...Lovell, S. / Battaile, K.P. / Auld, D.S. / Thorne, N. / Lea, W.A. / Maloney, D.J. / Shen, M. / Raj, G. / Thomas, C.J. / Simeonov, A. / Hanzlik, R.P. / Inglese, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular basis for the high-affinity binding and stabilization of firefly luciferase by PTC124.
著者: Auld, D.S. / Lovell, S. / Thorne, N. / Lea, W.A. / Maloney, D.J. / Shen, M. / Rai, G. / Battaile, K.P. / Thomas, C.J. / Simeonov, A. / Hanzlik, R.P. / Inglese, J.
履歴
登録2009年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferin 4-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1122
ポリマ－60,9181
非ポリマー1941
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.233, 84.233, 96.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Luciferin 4-monooxygenase / Luciferase


分子量: 60918.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Photinus pyralis (ホタル) / 参照: UniProt: P08659, firefly luciferase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 400, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 12.0 sec, detector distance 150.00 mm
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.123 / 数: 207798
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 42128 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 11.075
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 98.7
Cell measurementReflection used: 207798

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.23 Å26.97 Å
Translation2.23 Å26.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IEP

3iep


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.349 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2129 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 42128 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.32 Å2 / Biso mean: 23.931 Å2 / Biso min: 9.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 10 197 3567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9644685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81637388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1075434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.50624.161149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9415579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1951.52139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3241.5869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.05723467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88831315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5594.51213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.1040.2461660.212798310195.582
2.104-2.1620.2481610.22875305799.313
2.162-2.2240.2781590.22753292499.59
2.224-2.2920.2241360.1812756290299.655
2.292-2.3670.2111260.172612275299.491
2.367-2.450.1991240.1582557268899.74
2.45-2.5430.2341270.1752477260999.808
2.543-2.6460.2411190.172394251899.801
2.646-2.7630.2331410.172240238499.874
2.763-2.8980.2481200.1812224234799.872
2.898-3.0540.2641160.1892038215699.907
3.054-3.2390.247960.18819832079100
3.239-3.4610.226870.1911857194599.949
3.461-3.7370.19940.17117211815100
3.737-4.0910.196930.16415851678100
4.091-4.570.214800.1641442152499.869
4.57-5.270.182700.16812671337100
5.27-6.4370.211560.20710961152100
6.437-9.0280.25400.228841881100
9.028-500.223180.24248352395.794

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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