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- PDB-3iec: Helicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iec
タイトルHelicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mimicking Host Substrates
要素
  • Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
  • Serine/threonine-protein kinase MARK2
キーワードSIGNALING PROTEIN/TOXIN / Protein-protein complex / kinase / virulence factor / Alternative promoter usage / ATP-binding / Cell membrane / Developmental protein / Differentiation / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / SIGNALING PROTEIN-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / toxin transmembrane transporter activity / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis ...: / establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / toxin transmembrane transporter activity / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / establishment of cell polarity / axon development / regulation of cytoskeleton organization / protein kinase activator activity / lateral plasma membrane / regulation of microtubule cytoskeleton organization / actin filament / positive regulation of neuron projection development / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / neuron migration / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / molecular adaptor activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / dendrite / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type IV secretion system CagA exotoxin / CagA exotoxin, phosphopeptide substrate mimic region / CagA, N-terminal / CagA exotoxin phosphopeptide substrate mimic region / CagA protein / : / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal ...Type IV secretion system CagA exotoxin / CagA exotoxin, phosphopeptide substrate mimic region / CagA, N-terminal / CagA exotoxin phosphopeptide substrate mimic region / CagA protein / : / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen / Serine/threonine-protein kinase MARK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Nesic, D. / Miller, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Helicobacter pylori CagA inhibits PAR1-MARK family kinases by mimicking host substrates.
著者: Nesic, D. / Miller, M.C. / Quinkert, Z.T. / Stein, M. / Chait, B.T. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2009年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
C: Serine/threonine-protein kinase MARK2
D: Serine/threonine-protein kinase MARK2
E: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
F: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
G: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
H: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,3718
ポリマ－201,3718
非ポリマー00
水12,376687
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
E: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
F: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase MARK2
G: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
4
D: Serine/threonine-protein kinase MARK2
H: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3432
ポリマ－50,3432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.466, 93.256, 113.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase MARK2 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / ELKL motif kinase / EMK1 / PAR1 homolog


分子量: 36919.777 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 49-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CagA, EMK1, MARK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7KZI7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen / 120 kDa protein


分子量: 13423.082 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 885-1005 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: strain 26695 / 遺伝子: cagA, cai / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55980
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Initial crystals were grown by vapor diffusion using hanging drops formed from mixing a 2:1 volume ratio of the protein complex with an equilibration buffer consisting of 22.5-25% ...詳細: Initial crystals were grown by vapor diffusion using hanging drops formed from mixing a 2:1 volume ratio of the protein complex with an equilibration buffer consisting of 22.5-25% polyethylene glycol (PEG) molecular weight 3350 Da, 300 mM Li2SO4, and 100 mM Bis-Tris pH 5.8-6.2, at 23 C. Higher quality crystals were obtained by micro-seeding and addition of 5% PEG 400 as an additive. For cryoprotection crystals where transferred directly into a buffer with a 25% PEG 3350 Da, 5-10% PEG 400 Da, 300mM Li2SO4, 100mM Bis-Tris pH 5.8-6.2, 7.5% glycerol, and flash-cooled immediately afterward to -160 C. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
PH範囲: 5.8 - 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日
詳細: Beamline X29 features high-flux radiation derived from a 54-pole harmonic emission undulator, a vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator. A Cryomech AL300 is ...詳細: Beamline X29 features high-flux radiation derived from a 54-pole harmonic emission undulator, a vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator. A Cryomech AL300 is utilized to produce extremely stable cooling on a Si(111) crystal. The beamline is capable of delivering an energy range of 7-15 kev
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 97843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.286.20.70697841.1711100
2.28-2.376.20.5296870.991100
2.37-2.486.30.39397501.0621100
2.48-2.616.30.29697751.0671100
2.61-2.776.30.19497551.1241100
2.77-2.996.30.13797621.0711100
2.99-3.296.30.09897731.021100
3.29-3.766.30.07398090.9861100
3.76-4.746.10.05998530.9871100
4.74-505.90.04898950.913199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→40.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.256 / WRfactor Rwork: 0.21 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.82 / SU B: 12.78 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / SU Rfree: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 4890 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 97422 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.53 Å2 / Biso mean: 26.151 Å2 / Biso min: 5.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20.28 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10625 0 0 687 11312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.97714596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914318644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23751290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81523.858508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.087152060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.51572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.56469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1711.52625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.442210453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2334376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5334.54143
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 349 -
Rwork0.254 6779 -
all-7128 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89240.3522-0.73611.9761-1.39862.3349-0.09140.09890.03540.05140.18440.0666-0.0117-0.1828-0.09290.059-0.02170.030.074-0.02830.059424.796-22.29452.483
22.64980.6533-1.86510.8977-0.72152.41920.2529-0.12020.04760.1475-0.14220.0104-0.24330.1242-0.11080.0613-0.03070.00840.1295-0.03310.059155.596-13.4083.398
32.1239-0.5642.01271.117-0.94812.70590.2398-0.0802-0.0955-0.1813-0.06060.11410.2891-0.0532-0.17910.08980.02680.04110.1328-0.02310.12819.243-35.301-3.699
41.01491.09330.80163.43252.34172.2509-0.14170.1977-0.1134-0.12640.3362-0.1114-0.05130.2692-0.19460.1215-0.04610.05890.12110.01350.0967-0.184-50.5452.651
58.86333.3494-2.58842.26350.57444.50320.311-0.27330.69230.1849-0.09970.4521-0.3992-0.5924-0.21140.20150.16930.13070.35590.13020.293516.874-6.62749.26
63.6753.33240.801910.7918-3.193.37570.19090.10080.9784-0.04610.10391.2856-0.6111-0.2274-0.29480.49420.12790.24130.24570.02180.381939.97-5.2256.668
72.7734-2.3824-1.36448.8737-3.72934.5263-0.1667-0.2145-0.8146-0.00580.69821.73970.6869-0.4337-0.53140.5952-0.2479-0.28670.38870.17950.6233-6.437-43.358-7.055
80.63270.4050.97811.6929-0.19852.03440.21690.1303-0.47380.1780.2649-0.71510.37370.1331-0.48190.12510.0895-0.15770.0854-0.13440.48228.174-66.32849.033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2B49 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3C49 - 363
4X-RAY DIFFRACTION4D49 - 363
5X-RAY DIFFRACTION5E948 - 961
6X-RAY DIFFRACTION6F948 - 961
7X-RAY DIFFRACTION7G948 - 961
8X-RAY DIFFRACTION8H948 - 961

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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