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万見
- PDB-6l8k: Structure of URT1 in complex with UTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8k
タイトルStructure of URT1 in complex with UTP
要素UTP:RNA uridylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Uridylyltransferase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of post-transcriptional gene silencing by regulatory ncRNA / miRNA catabolic process / : / RNA uridylyltransferase / RNA uridylyltransferase activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / P-body / mRNA processing / mRNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TUTase nucleotidyltransferase domain / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP:RNA uridylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.999 Å
データ登録者Lingru, Z.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis terminal uridylyl transferase URT1.
著者: Zhu, L. / Hu, Q. / Cheng, L. / Jiang, Y. / Lv, M. / Liu, Y. / Li, F. / Shi, Y. / Gong, Q.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP:RNA uridylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8912
ポリマ－43,4071
非ポリマー4841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.766, 64.928, 66.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 UTP:RNA uridylyltransferase 1


分子量: 43406.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: URT1, At2g45620, F17K2.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O64642, RNA uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES PH7.5, 10% PEG6000, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.999→30.627 Å / Num. obs: 8925 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 65.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.857
反射 シェル解像度: 2.999→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique obs: 2924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w0n

5w0n


解像度: 2.999→30.627 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 430 4.82 %
Rwork0.1904 8495 -
obs0.1927 8925 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.39 Å2 / Biso mean: 61.8459 Å2 / Biso min: 27.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.999→30.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 29 0 2630
Biso mean--93.87 --
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.543650
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043406
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9871618
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.999-3.43230.29771410.2483278398
3.4323-4.32240.23751440.1883283699
4.3224-30.6270.22011450.1717287698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.761 Å / Origin y: -0.8185 Å / Origin z: 18.1913 Å
111213212223313233
T0.3033 Å20.0343 Å20.0334 Å2-0.4257 Å2-0.0126 Å2--0.3412 Å2
L1.7574 °20.5872 °20.1355 °2-1.7135 °2-0.1328 °2--1.3481 °2
S-0.0418 Å °0.1107 Å °0.0111 Å °-0.0487 Å °-0.0882 Å °0.1415 Å °-0.0343 Å °-0.1492 Å °0.1317 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA426 - 755
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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