PDB-3id6: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus Nop5 (1-262) and fib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3id6

タイトル

Crystal structure of Sulfolobus solfataricus Nop5 (1-262) and fibrillarin complex

要素

Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
Pre mRNA splicing protein

キーワード

TRANSFERASE / C/D guide RNA / 2'-O-methylation / coiled-coil / Methyltransferase / RNA-binding / rRNA processing / tRNA processing

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ye, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase.
著者: Ye, K. / Jia, R. / Lin, J. / Ju, M. / Peng, J. / Xu, A. / Zhang, L.

履歴

登録	2009年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3id6.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3id6.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3id6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3id6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3id6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3icxC 3id5C 2nnwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7asa-d 1nu7-d 2a1d-d 1nu9-d 3syn-5 6z4x-d 4c2t-2 3eg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pre mRNA splicing protein

C: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre mRNA splicing protein

C: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

A: Pre mRNA splicing protein

C: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.517, 182.364, 79.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Pre mRNA splicing protein / Nop5 分子量: 31136.340 Da / 分子数: 1 / 断片: NTD and coiled-coil domain (residues 1-262) / 変異: M2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0939 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: Q97ZH3
#2: タンパク質	Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / fibrillarin / FIB 分子量: 26439.375 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: flpA, SSO0940, C33_014 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ 参照: UniProt: P58032, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M KF, pH 7.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 22817 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NNW

2nnw

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 28.236 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.509 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	876	5.1 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.235	17155	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.15 Å² / B_iso mean: 32.101 Å² / B_iso min: 5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3881	0	27	0	3908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.981	5375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.001	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.921	24.416	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.619	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.889	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.282	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.405	1.5	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.703	2	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.064	3	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.733	4.5	1504

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	68	-
R_work	0.286	1158	-
all	-	1226	-
obs	-	-	99.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6966	-8.0488	1.9961	16.018	-3.0787	9.6687	-0.4158	-0.8023	-0.7592	1.2077	0.3642	-0.1216	0.841	-0.0323	0.0517	0.2577	-0.031	0.0896	-0.0265	0.0871	0.2159	-18.892	-47.824	-28.162
2	7.2332	-4.4398	1.5764	6.3703	-2.064	6.0488	-0.5521	-0.8627	-0.4286	0.8846	0.696	0.7497	0.0074	-0.6966	-0.1439	0.1981	-0.0294	0.2392	0.0027	0.0886	0.1238	-26.108	-43.608	-23.383
3	3.5053	-1.8551	1.6344	7.1329	-1.0989	6.0441	0.2428	0.3563	-0.2849	-0.1387	-0.478	0.0893	0.3937	0.1334	0.2352	0.0466	-0.0914	0.0703	0.0474	-0.062	0.2196	-21.888	-40.046	-38.513
4	0.7937	-0.0793	-0.1551	4.7179	4.3124	4.8388	0.0433	0.1107	0.0625	-0.4497	-0.2034	0.3218	-0.4189	-0.2283	0.1601	0.2023	0.0251	0.0158	0.0933	0.0402	0.1687	-31.763	3.248	-7.276
5	1.1479	-0.0095	-0.9495	4.7946	1.1657	4.1213	0.1167	0.0053	0.1496	-0.341	0.0777	-0.2157	-0.7062	0.343	-0.1944	0.1374	-0.0579	0.0577	0.1138	0.0104	0.2255	-23.828	15.415	-1.304
6	4.6663	1.4011	1.033	6.5287	-3.4198	10.2147	-0.2253	0.3736	0.5337	-0.5157	-0.2407	-0.3279	-1.5186	0.5585	0.466	0.3722	-0.1254	-0.0495	-0.0369	0.063	0.0405	-11.677	-14.667	-55.478
7	4.4976	0.4212	0.3066	4.2531	-0.4069	5.887	-0.008	-0.2806	-0.026	0.2176	-0.2359	-0.1214	-0.4526	0.0643	0.2439	0.0848	-0.0803	-0.0677	0.0379	-0.0134	0.1465	-15.353	-25.193	-37.569
8	10.5968	3.0143	3.9017	6.2426	-1.9434	4.6553	-0.3318	-0.3093	0.1001	-0.0339	-0.0047	-0.2829	-0.9347	0.7158	0.3365	0.0331	-0.2952	-0.1509	0.464	0.1534	0.2391	5.26	-19.117	-34.375
9	120.3728	42.4403	143.624	107.7208	-26.3865	235.3267	0.4037	1.5172	4.9742	1.65	0.0361	4.5725	-1.713	7.83	-0.4398	0.3164	-0.0658	-0.0088	0.3325	0.1275	0.5285	-3.851	-8.603	-38.758
10	8.4869	5.3939	5.3069	8.6585	1.1645	4.2509	-0.5155	-0.0121	-0.3202	1.8901	0.5125	-0.5247	0.3709	1.2912	0.0029	0.3592	-0.1891	0.0635	0.388	0.0955	0.3508	0.098	-27.323	-37.312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	189 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	5 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	73 - 180
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	181 - 218
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	219 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	224 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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