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万見
- PDB-3i9w: Crystal structure of the E. coli histidine kinase sensor TorS sen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i9w
タイトルCrystal structure of the E. coli histidine kinase sensor TorS sensor domain
要素Sensor protein torSセンサ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / stacked two four-helix bundles / ATP-binding / Cell inner membrane / Cell membrane (細胞膜) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


嫌気呼吸 / : / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dephosphorylation / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / ATP binding ...嫌気呼吸 / : / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dephosphorylation / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #920 / Sensor histidine kinase TorS, sensor domain / TorS, sensor domain superfamily / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #920 / Sensor histidine kinase TorS, sensor domain / TorS, sensor domain superfamily / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein TorS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Moore, J.O. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of sensor domains from the TMAO-responsive histidine kinase receptor TorS
著者: Moore, J.O. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein torS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4491
ポリマ－32,4491
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.528, 137.112, 123.239
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein torS / センサ


分子量: 32449.150 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35 to 320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0993, JW5135, torS, yccI / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39453, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1-4 butanediol, NaAcetate pH 5.5, NH4SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.99117, 0.97943, 0.97912, 0.96806
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Kohzu double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991171
20.979431
30.979121
40.968061
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 14294 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.296 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.84.30.38313341.06593.2
2.8-2.914.30.25113501.05395.3
2.91-3.044.40.19113631.06596.6
3.04-3.24.40.14314061.11997.4
3.2-3.44.60.11514051.11896.9
3.4-3.666.60.14513951.16998.7
3.66-4.038.30.11714371.60198.9
4.03-4.69.10.07914501.61699.3
4.6-5.779.50.06914731.34299.3
5.77-209.40.04515301.17199.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
4
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
4 wavelength110.97915.56-7.97
4 wavelength120.97944.67-11.75
4 wavelength130.96813.65-3.32
4 wavelength140.99121.12-3.34
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se53.8090.1260.1580.2020.607
2Se600.1020.280.1190.633
3Se600.550.4140.0620.646
4Se10.2610.2580.0940.109
5Se10.3260.1110.0330.094
6Se59.680.680.4720.0670.259
7Se19.1910.7980.3830.0450.137

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→19.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 1878859 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 719 5 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs-14143 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.45 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.12 Å2 / Biso mean: 73.572 Å2 / Biso min: 37.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.24 Å20 Å20 Å2
2---32.56 Å20 Å2
3---11.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 0 43 2167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 117 5.2 %
Rwork0.35 2139 -
all-2256 -
obs--93.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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