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万見
- PDB-3i6x: Crystal structure of the calponin homology domain of IQGAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i6x
タイトルCrystal structure of the calponin homology domain of IQGAP1
要素Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
キーワードCALMODULIN-BINDING / MEMBRANE PROTEIN / all Helical / Cell membrane / Membrane / Phosphoprotein / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / fibroblast migration / MAP-kinase scaffold activity / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension ...negative regulation of dephosphorylation / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / podocyte development / slit diaphragm / GTPase inhibitor activity / fibroblast migration / MAP-kinase scaffold activity / S100 protein binding / Nephrin family interactions / neuron projection extension / RHOV GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / lateral plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of protein kinase activity / RHO GTPases activate IQGAPs / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / regulation of cytokine production / ruffle / regulation of mitotic cell cycle / RAC1 GTPase cycle / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine kinase activator activity / GTPase activator activity / secretory granule membrane / actin filament / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / small GTPase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / actin filament binding / cell migration / cell cortex / midbody / growth cone / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / microtubule / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / calmodulin binding / ribonucleoprotein complex / cadherin binding / neuron projection / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / signal transduction / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 ...RasGAP protein, C-terminal / RasGAP C-terminus / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / IQ calmodulin-binding motif / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Rho GTPase activation protein / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / IQ motif profile. / WW/rsp5/WWP domain signature. / IQ motif, EF-hand binding site / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kurella, V.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: The IQGAP1 N-Terminus Forms Dimers, and the Dimer Interface Is Required for Binding F-Actin and Calcium-Bound Calmodulin.
著者: Liu, J. / Kurella, V.B. / LeCour Jr., L. / Vanagunas, T. / Worthylake, D.K.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年7月26日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
C: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
D: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5504
ポリマ－89,5504
非ポリマー00
水68538
1
A: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
D: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7752
ポリマ－44,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
2
B: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1
C: Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7752
ポリマ－44,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.432, 66.421, 83.014
Angle α, β, γ (deg.)99.55, 104.07, 108.69
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ras GTPase-activating-like protein IQGAP1 / p195


分子量: 22387.439 Da / 分子数: 4
断片: N terminal calponin homology domain (UNP residues 1-191)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: human / 遺伝子: IQGAP1, KIAA0051 / プラスミド: pETtrx_1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46940
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M-0.3M Ammonium acetate, 20 % PEG 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9397 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日 / 詳細: Kohzu HLD-4 Double Crystal
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 36937 / Num. obs: 36983 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 17.47
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3617 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 96.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P2X

1p2x


解像度: 2.5→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1858 4.9 %random
Rwork0.234 ---
all-36983 --
obs-36983 98.5 %-
溶媒の処理Bsol: 30.947 Å2
原子変位パラメータBiso max: 122.42 Å2 / Biso mean: 46 Å2 / Biso min: 9.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-0.46 Å22.95 Å2
2---1.87 Å22.92 Å2
3---1.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 0 38 5374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3852.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 169 -
Rwork0.377 --
obs-3469 97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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